مجله بیوتکنولوژی ایران
سال:1387 | دوره:6 | شماره:1 |تعداد مقالات:8

ژن lpsA به عنوان یکی از ژنهای دخالت کننده در انتهای چرخه ساخت ارگووالین، عامل مسمومیت فسکیو در گاو، Neoty phodium lolii همزیست با Lolium perenne جداسازی شده است. در این تحقیق ژن مشابهی از قارچهای Neotyphodium جداسازی شده از میزبان های بومی ایران از طریق واکنش زنجیره پلی مراز مستقیم (Direct-PCR) و آشیانه ای (Nested-PCR) ردیابی گردید. تمام جدایه های قارچی همزیست با گیاهان مورد بررسی بجز قارچ های جداشده از گونه Bromus tomentellus حامل این ژن بودند. در واکنش زنجیره پلی مراز مستقیم یک قطعه 747 جفت بازی از این ژن در تمام جدایه های بومی اندوفایت تکثیر یافت که بر اساس آزمون PCR-RFLP الگوی باندی مشابه برای کلیه آنزیمهای برشی مورد استفاده داشتند. توالی قطعه تکثیر شده (Nested) از بخش میانی قطعه 747 جفت بازی با قطعه هم ردیف خود در ژن lpsA جداشده از 99 ,N.lolii درصد شباهت نشان داد. بر این اساس به نظر می رسد حضور ژن lpsA و توالی های حفظ شده آن در میان جدایه های Neotyphodium بستگی زیادی به میزبان گیاهی همزیست خود دارد.

ویروس نوارک ایرانی گندم یکی از اعضای غیر قطعی جنس Tenuivirus بوده و ژنوم آن دارای سه قطعه آمبی سنس و یک قطعه با قطبیت منفی است. ژن های مربوط به پروتئین های پوششی (CP) و غیر ساختمانی (NS) ویروس که بترتیب توسط قطعات vcRNA3 و vRNA4 کد می گردند، در شرایط آزمایشگاه رونویسی و سپس ترجمه گردیدند. وزن مولکولی محصولات ترجمه شده بترتیب 35 و 22 کیلودالتون بود که می توان آنها را به دو چهارچوب ژنی واقع بر روی قطعات فوق نسبت داد. ژن مربوط به پروتئین pc4 نیز که توسط قطعه vcRNA4 این ویروس کد می شود، با استفاده از همین روش ابتدا رونویسی و سپس ترجمه شد و پروتئینی با وزن تقریبی 37 کیلودالتون تولید نمود. بیان مستقیم چهارچوب ژنی موجود بر روی vcRNA4 بدون جداسازی مراحل رونویسی و ترجمه، منجر به تولید پروتئینی با وزن مولکولی مشابه فوق گردید. تولید پروتئین های NS4 و pc4 که ژن های کدکننده آنها بترتیب بر روی نسخه ویروسی (v) و رشته مکمل (vc) قطعه RNA4 ویروس نوارک ایرانی گندم قرار دارد، ماهیت آمبی سنس این قطعه را تایید می کند.

روشهای مختلفی نظیر نیمرخهای پلاسمیدی، الکتروفورز آنزیمی، نیمرخهای لیپوپلی ساکاریدی و تکنیکهای PCR مختلف برای مطالعه تنوع باکتریها وجود دارد. بسیاری از محققین کاوشگرهای ژنی مختلف را برای آزمایشات هیبریداسیون در مطالعات تنوع ژنتیکی باکتریهای تثبیت کننده نیتروژن استفاده می کنند. در این مطالعه دو کاوشگر مختلف (TopA, SucA) از ژنوم کروموزومی سویه بردی ریزوبیوم USDA110 تهیه و سپس با نرم افزار DNAMAN ارزیابی و سپس برای مطالعه DNA/DNA هیبریداسیون 18 جدایه بردی ریزوبیوم استفاده شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که همه جدایه های بردی ریزوبیوم ژاپنیکوم به ترتیب در 4 و 5 گروه متفاوت بر مبنای الگوهای هیبریداسیون کاوشگرهای TopA و SucA قرار گرفتند. نتایج همچنین نشان داد که ردیف بازهای آلی این ژنها در میان جدایه ها تنوع خوبی داشت و آنها برای مطالعات تنوع ژنتیکی باکتریهای ریزوبیومی مناسب هستند. تنوع ردیف بازهای آلی ژن TopA در مقایسه با SucA بیشتر بود.

در این بررسی، تولید اسید لاکتیک به روشهای مختلف تثبیت سلول از طریق بدام اندازی مقایسه گردیده است. سلولهای بدام انداخته شده در آلژینات باریم و ژل آگار بصورت دانه و در مکعب های اسفنجی ساخته شده از پلی یورتان بصورت تخمیر پسته تکرار شونده مورد استفاده قرار گرفتند.افزایش تولید اسید لاکتیک در طی تخمیر توسط سلولهای بدام انداخته شده در آلژینات باریم بهتر از روشهای دیگر توسط سلولها تحمل گردید. در سلول های آگار به ترتیب 0.625 و 0.425 گرم در لیتر ساعت بوده در حالیکه در تخمیر با سلولهای آزاد 0.375 گرم در لیتر ساعت بدست آمد. همچنین سلولهای تثبیت شده در آلژینات در طی کشت های تکرار شونده تا 40 روز پی درپی مقاومت نموده و نسبت به روشهای دیگر کارایی بهتری از خود نشان داد. در این تحقیق برای اولین بار تثبیت سلولهای Lactogacillus casei در اسفنج پلی یورتان با روش های دیگر مقایسه و شاخص های تولید اسید لاکتیک در تخمیر بصورت کشت تکرار شونده و در محیط های اقتصادی موجود در ایران نظیر آب پنیر و خیسانده ذرت غنی شده با گلوکز ارایه گردیده است.

گسترش رو به رشد اطلاعات مربوط به توالیهای درشت مولکولهای زیستی کاربرد علم آمار را برای مدلبندی و برآورد نوع کارکرد آنها بیش از پیش نموده است. در این مقاله حساسیت و ویژگی مدلهای مارکوفی مرتبه اول و دوم در شناسایی توالی ژنی در طولds  DNA ویروسی مورد ارزیابی قرار گرفته است. برای این کار دو رویکرد برای تخمین هر یک از پارامترهای زنجیر مارکوف یعنی «ماتریس احتمالهای تغییر وضعیت» و «احتمال اولیه» به کار برده ایم که با وجود دو مدل مارکوف مورد نظرمان هشت الگوریتم ژنیاب بدست آمده است. برای مقایسه حساسیت و ویژگی الگوریتمها از تحلیل اندازه های تکرار شده با سه عامل (مدل مارکوف، نوع انتخاب توالی و نوع برآورد ماتریس تغییر وضعیت) استفاده نمودیم. نتایج حاکی از بیشتر بودن حساسیت و ویژگی مارکوف مرتبه دوم نسبت به مرتبه اول بود (p<0.001). با این حال نتایج نشان دادند که با وارد کردن متغیرهای کمکی «تعداد ژنها بخش بر طول ژنوم» و «فراوانی نسبی نوکلئوتیدهای (A&T) و (C&G)» به مدل، تفاوت در حساسیت مارکوفهای مرتبه اول و دوم از نظر آماری معنی دار نشدند (به ترتیب P-Valueهای (0.120, 0.071, 0.407 و نیز با ورود دو متغیر «فراوانی نوکلئوتیدهای موجود در ناحیه های ژنی شناخته شده به طول ژنوم ویروس» و «فراوانی نسبی نوکلئوتیدهای (A&T)» به مدل نتایج نشان داد که تفاوت در ویژگی مارکوفهای مرتبه اول و دوم از نظر آماری معنی دار نشدند.

سلولهای بنیادین مزانشیمی مشتق از مغز استخوان انسان (hBMSCs) قابلیت تمایز به سلولهایی نظیر سلولهای چربی، استخوان، کبدی و آندوتلیال را دارند. در این مطالعه، تمایز hBMSCs به سلولهای شبه آندوتلیال در حضور فاکتور رشد آندوتلیال عروقی (VEGF) و فاکتور رشد شبه انسولین (IGF-1) القا گردید. سلولهای آندوتلیال تمایز یافته جهت توانایی بیان گیرنده (VEGFR2)VEGF و فاکتور فون ویلبراند (vWF) مورد بررسی قرار گرفتند. توانایی آنها در ساختن شبکه مویرگی روی محیط نیمه جامد ژل ماتریکس در in vitro ارزیابی شد. شبکه شبه مویرگی در محیط کشت حاوی VEGF (50 ng/ml) و IGF-1 (20 ng/ml) تشکیل شد. تحت این شرایط حدود %85 سلولها روی ژل ماتریکس توانایی توبولوژنز داشنتد. این نتایج نشان می دهد که تمایز سلولهای بنیادی مزانشیمال به سلولهای آندوتلیال دارای قابلیت تشکیل شبکه مویرگی در سیستم in vitro با بیان شاخصهای ویژه بافت آندوتلیال مرتبط است.

گلیکو پروتئین پوششی E2 ویروس هپاتیت C(HCV) مسیر اینترفرونی تحریک شده توسط RNA دو رشته ای فعال را از طریق شباهت زیاد میان ناحیه pepHD خود و elf2 و PKR سلولی مهار می کند. در این مطالعه تغییرات ژنتیکی ناحیه pepHD بیماران آلوده با ژنوتیپ 1a/1b ویروس هپاتیت C توسط روش RT-PCR تکثیر شده و محصولات از طریق روش توالی یابی دو جهته بررسی شدند. توالی pepHD در بیماران درمان نیافته و بیمارانی که برای سه ماه درمان دریافت کرده بودند متفاوت بود. در این بررسی نشان داده شد که کوازی اسپیشزهای بزرگ و اصلی بعد از سه ماه، و در یک بیمار بعد از 6 ماه درمان با اینترفرون قابل تغییر هستند. این موتاسیون ها در کدن های 665، 666 و 667 نمونه های پیگیری شده در کدن های 666، 667، 660 و 661 بیمارانی که درمان را دریافت کرده، ولی پیگیری نشده اند اتفاق می افتد بعضی از این موتاسیون ها نظیر موتاسیون هایی است که توسط محققان دیگر گزارش شده است. موتاسیون های دیگری نیز در فرادست و فرودست ناحیه pepHD اتفاق می افتد که ممکن است شکل و خاصیت ناحیه pepHD را متغیر ساخته و مانع فعالیت مهارکنندگی این ناحیه پروتئینی گردد. در جمع بندی یافته های ما نشان می دهد احتمالا ناحیه pepHD ژن E2 ویروس HCV می تواند نقش مهمی را در تعیین نتیجه پاسخ درمان به اینترفرون در بیماران ایرانی آلوده به هپاتیت C بر عهده داشته باشد.

در ژنوم انسان، کروموزوم 11 حاوی دستهای از ژنهای ماتریکس متالوپروتئیناز (MMP) می باشد. نقش پلی مورفیسمهای تک نوکلئوتیدی در منطقه پروموتوری ژنهای MMP در بیان و الگو برداری مهم به نظر میرسد. پلی مورفیسم حذفی آدنین در موقعیت 1171- پروموتور ژن MMp-3 (تغییر از ترادف 5′-AAAAAAccAT-5′ به (5’-AAAAACCAT-3′ باعث باند شدن فاکتور الگو برداری و بنابراین سهولت بیان از ژن می گردد. مطالعه حاضر از نوع بیمار کنترل و حاوی 120 بیمار سرطان پستان (60 بیمار با فعالیت متاستازی و 60 بیمار بدون فعالیت متاستازی) به همراه 60 کنترل میباشد. ژنوتیپ 5A/6A ژن MMP-3 افراد بیمار و کنترل با استفاده از تکنیک PCR-RFLP تعیین شد. توزیع ژنوتیپهای MMP-3 در بین بیماران و افراد کنترل یکسان مشاهده گردید (OR=0.89, 95% CI, 0.43-1.84, P=0.047). نتایج نشان داد که فراوانی آلل 5A در بین بیماران با فعالیت متاستازی بیشتر از افراد کنترل میباشد (OR=2.9, 95% CI, 0.94-8.9, P=0.074). بنابراین پلی مورفیسم 5A در پروموتور ژن MMP-3 با گروه بیماران متاستازی و نه بیماران غیر متاستازی ارتباط آماری دارد. از این رو هیچگونه مدرکی دال بر ارتباط پلی مورفیسم 5A/6A با شروع سرطان پستان در بیماران وجود ندارد.