تفسیر آیات قرآنی در کشف الاسرار میبدی، از سه بخش که میبدی آن ها را با عنوان های «النوبه الاولی و النوبه الثانیه و النوبه الثالثه» یاد کرده تشکیل شده است. بدین صورت که نوبت اول: ترجمه لفظ به لفظ آیات قرآن، نوبت دوم: تفسیر به روش عام اهل سنت و نوبت سوم: تفسیر برخی از آیات به مذاق عرفا (در قالب کلامی موزون و مسجع) است. اغلب صاحب نظران و نویسندگان، نوبت سوم کشف الاسرار را تاویل نام نهاده اند، در حالی که میبدی در همه جای تفسیر خویش، با تاویل (تفسیر به رای)، سرسختانه مخالفت می ورزد. این نوشتار به بررسی اعتبار علمی تاویل، در نوبت سوم کشف الاسرار می پردازد و می کوشد تا دیدگاهی علمی تر و سنجیده تر در این خصوص عرضه کند.