در این مقاله دو پیش فرض اساسی حاکم بر هر پژوهش علمی یعنی ممکن بودن شناخت و معقولیت قانونمند پنداشتن جهان و اینکه قوای شناختی انسان قابل اعتماد است و انسان می تواند به شناخت از جهان دست یابد، به عنوان مهم ترین نقاط ریشه ای تعامل دین و علم و حمایت ادیان از علم مدرن مورد بررسی قرار خواهد گرفت. نشان داده می شود که ادیان ابراهیمی هم به طریق نظری و هم در عمل در طول تاریخ پیشرفت علم، توانسته اند این دو پیش فرض اساسی را تبیین نمایند و در ناخودآگاه دانشمندان و دانش پژوهان بنشانند. سپس نشان داده می شود که طبیعت گرایی متافیزیکی از دادن تبیین مناسبی از این دو پیش فرض پایه ای ناکام است.