به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی جمعیت سنتتیک یک(Syn1) با جمعیت آزادگرده افشان نسل اول (Syn2) و یکی از ارقام والدی (قره یونجه)، حدود 35 تا 50 فرد از هر جمعیت از طریق سه نوع پروتئین ذخیره ای تک بذر مورد مطالعه قرار گرفتند. انجام الکتروفورز SDS-PAGE پروتئین های ذخیره ای تک بذر ( S2, S1وS3 ) برای سه جمعیت یونجه نشان داد که میانگین فاصله افراد درون جمعیتی براساس ضریب تطابق ساده در Syn1 و قره یونجه به ترتیب 0.0054±0.274 و 0.0081±0.270 بدون اختلاف معنی دار هستند ولی این میانگین در جمعیت Syn2 بطور معنی داری کمتر و برابر 0.0081±0.251 بود که نشان دهنده شباهت بیشتر افراد در نسل Syn2 است. بنابراین نتایج حاصله نشان داد که جمعیت سنتتیک یک و قره یونجه در پروتئین های بررسی شده (S3, S2, S1) و پروتئین های کل) بیشترین فاصله ژنتیکی درون جمعیتی را به خود اختصاص داده اند. اطلاع از فاصله ژنتیکی با استفاده از نشانگرهای پروتئینی در کنار نشانگرهای دیگر از جمله مورفولوژیکی و دی.ان.ای می تواند در شناسایی والدین مناسب برای برنامه های دورگ گیری و توسعه هیبرید مناسب باشد.