استفاده از نشانگرهای پروتئینی در جدا سازی ارقام پسته به عنوان یک منبع ارزشمند غذایی بسیار مهم است. در این مطالعه الگوی پروتئین های جنین های چهار رقم پسته ایرانی، شامل׃ اکبری، احمدآقایی، فندقی و کله قوچی با استفاده از روش SDS-PAGE بررسی گردید. حضور باندهای پروتئینی با وزن مولکولی تقریبی 45 و 90 کیلو دالتون در الگوی پروتئینی محورهای جنینی، به ترتیب در ارقام کله قوچی و اکبری و غیاب باندهای پروتئینی با وزن مولکولی تقریبی 30 و 20 کیلو دالتون در الگوی پروتئینی لپه ها به ترتیب در ارقام کله قوچی و اکبری می تواند به عنوان نشانگر های پروتئینی برای این ارقام پسته معرفی شود. از سوی دیگر، بیان حداکثر باند 45 کیلو دالتونی در الگوی پروتئینی لپه ها، می تواند نشان دهنده یک نشانگر پروتئینی برای رقم احمدآقایی باشد.