گیاه شقایق (.Papaver somniferum L) یکی از قدیمی ترین گیاهان داروئی شناخته شده است. با توجه به این که پتانسیل مواد دارویی گیاهان دارویی در شرایط طبیعی بسیار محدود می باشد، از این رو کشت بافت گیاهی به عنوان یکی از روش های کاربردی نقش مهمی در راستای تولید صنعتی متابولیت های ثانویه درگیاهان دارویی دارد. از میان سیستم های کشت بافت، سیستم ریشه های موئین در شرایط کشت بدون تنظیم کننده رشد بسیار پایدار است و به دلیل ثبات ژنتیکی و بیوشیمیایی ذاتی، متابولیت های ثانویه را در طی یک دوره ی طولانی تولید می کنند. در این پژوهش به منظور بهینه سازی شرایط کشت ریشه های موئین از سویه های مختلف آگروباکتریوم رایزوژنز (ATCC15834، A4 و GMI9534)، محیط های کشت MS و 1/2MS، دو دمای 25 و 17 درجه سلسیوس در دوره هم کشتی و دو نوع ریزنمونه ی اندام هوایی و محور زیرلپه استفاده گردید. صفت های درصد تحریک ریشه موئین، تعداد ریشه موئین در ریزنمونه و تعداد انشعاب فرعی ریشه موئین در طول یک سانتی متر از ریزنمونه اندازه گیری شد. واکاوی نتایج نشان داد که سویه ی ATCC15834، محیط کشت 1/2MS، دمای 25 درجه سلسیوس همکشتی و ریزنمونه اندام هوایی بهترین ترکیب تیماری جهت تحریک ریشه موئین در گیاه شقایق هستند. با استفاده از واکنش PCR تایید تراریختی ریشه های موئین با آغازگرهای اختصاصی ژن rolB انجام گرفت.