دنیای میکروب ها
سال:1395 | دوره:9 | شماره:2 (پیاپی 27) |تعداد مقالات:11

سابقه و هدف: در سال های اخیر پروتئین جدیدی بنام Core+1 گزارش شده است که به وسیله یک تغییر ریبوزومی 1+ در ناحیه کد کننده پروتئین Core ویروس هپاتیت سی (HCV) تولید می شود. این مطالعه با هدف طراحی و ساخت وکتور باکولوویروس واجد توالی Core+1 HCV-2a (JFH1) تولید باکولوویروس نوترکیب و تایید ترانسفکت آن در سلول های حشره انجام شد.مواد و روش ها: در این مطالعه، از ژن Core+1 HCV-2a (JFH1) که در پلاسمید pUC57 به صورت تجاری سنتز شده بود استفاده گردید. ژن مورد نظر در پلاسمید pFastBac-HTA همسانه سازی مجدد شد و توسط این وکتور انتقالی در میزبان اشریشیا کلی DH10Bac با عمل ترانسپوزیشن، بکمید باکولوویروس نوترکیب به دست آمد. سازه نوترکیب پس از تایید با واکنش زنجیره ای پلی مراز، برای ساخت با کولوویروس نوترکیب در سلول حشره Sf9 ترانسفکت گردید. وجود پروتئین نوترکیب Core+1 در سلول حشره با روش SDS-PAGE و وسترن بلات مورد تایید قرار گرفت.یافته ها: همسانه سازی صحیح ژن Core+1 در وکتور انتقالی pFastBac با استفاده از برش آنزیمی و تعیین توالی تایید گردید. واکنش زنجیره ای پلی مراز نشان دهنده صحت طول نواحی تکثیر یافته هدف روی بکمید، ایجاد ترانسپوزیشن و نوترکیبی بکمید نوترکیب بود. اثرات سایتوپاتیک سلول Sf9 نشان دهنده ایجاد باکولوویروس نوترکیب بود. پروتئینCore+1 HCV-2a (JFH1) به طور موفقیت آمیز بیان گردید.نتیجه گیری: با طراحی و ساخت وکتور باکولوویروس و تولید باکولوویروس نوترکیب می توان پروتئین Core+1 مشابه با پروتئین ساخته شده ویروسی را بیان نمود. این عمل پایه انجام مطالعات آینده خواهد بود.

سابقه و هدف: سودوموناس آئروژینوسا یک پاتوژن فرصت طلب شایع بیمارستانی است که مسوول طیف وسیعی از عفونت های انسانی می باشد. مطالعه حاضر با هدف دسته بندی ژنتیکی جدایه های سودوموناس آئروژینوسا جدا شده از عفونت های بیمارستانی انجام شد.مواد و روش ها: این مطالعه مقطعی توصیفی بر روی 18 جدایه سودوموناس آئروژینوسا جداسازی شده از بیماران بستری در بیمارستان های سطح شهرستان شهرکرد انجام گرفت. به منظور ژنوتایپینگ آن ها از سه روشRAPD-PCR ،ERIC-PCR  و Rep-PCR استفاده گردید.یافته ها: در آزمون RAPD-PCR، 86 باند مختلف DNA از حدودا 300 تا 10000 جفت باز در جدایه های مورد بررسی ایجاد شد. از این میان تعداد 74 باند از آن ها پلی مورفیک بود. در آنالیز جدایه های سودوموناس آئروژینوسا با روشERIC-PCR  عداد 98 باند مختلف با حدود 150 تا 8000 جفت باز مشاهده شد که الگوی باندینگ 14 جدایه از 18 جدایه مورد بررسی پلی مورفیک بود. در آزمایش Rep-PCR، 16 پروفایل ژنومی حاصل گردید که در مجموع شباهتی بین حدود 30 تا 86 درصد بین جدایه ها مشاهده شد و تعدادی از نمونه ها دارای شباهت 100 درصد بودند.نتیجه گیری: به طور کلی تمام جدایه های مورد بررسی دارای الگوی باندی پلی مورفیک بودند. هیچ باند مونوفورمیکی در جدایه ها مشاهده نشد. وجود الگوی باندی پلی مورفیک در استفاده از تکنیک های مورد بررسی نشان می دهد که سرعت بالایی از پلی مورفیسم در ژنوم سودوموناس آئروژینوسا وجود دارد و روش های مورد استفاده در این مطالعه هر کدام ابزارهایی قدرتمند در دسته بندی سودوموناس آئروژینوسامی باشند.

سابقه و هدف: تاکنون فرم جنسی برای گونه آلترناریا آلترناتا گزارش نشده است. اما سطوح بالایی از تنوع ژنتیکی و ریخت شناسی مشاهده شده در بین جمعیت های این قارچ بیانگر وجود مکانیسم های ناشناخته و مرموز تولید مثل جنسی است. در قارچ های آسکومیستی مشابه با این قارچ، تولید مثل جنسی توسط یک ژن گاه منفرد به نامMAT1  کنترل می شود که دارای دو آلل MAT1-1 و MAT1-2 می باشند. این مطالعه با هدف تعیین فراوانی و نحوه پراکنش آلل های ژن MAT1 در جمعیت قارچ آلترناریا آلترناتا مرکبات جنوب کشور انجام شد.مواد و روش ها: در این مطالعه مقطعی - توصیفی، استخراج DNA با روش CTAB، از ریسه های جوان نمونه های برگی 45 جدایه قارچ آلترناریا آلترناتا که قبلا از گونه ها و ارقام مختلف باغات مرکبات جنوب کشور جمع آوری و خالص سازی شده بودند، انجام گردید. به منظور تعیین تیپ های آمیزشی، از آغازگرهای اختصاصی برای تکثیر ناحیه هایMAT1-1  و MAT1-2 در واکنش زنجیره ای پلی مراز استفاده شد.یافته ها: جدایه های تیپ های آمیزشی MAT1-1 و MAT1-2 به ترتیب تکثیر قطعات 642 و 882 جفت بازی را داشتند. به طور کلی تیپ های آمیزشی در این ناحیه از فراوانی مساوی برخوردار نبودند. در مجموع، 16 جدایه دارای تیپ آمیزشی MAT1-1 و 29 جدایه دارای تیپ آمیزشی MAT1-2 بودند. فراوانی های تیپ های آمیزشی در شهرستان های مختلف و در گونه های مختلف مرکبات متفاوت بود.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که در برخی از مناطق جنوب کشور و در برخی از میزبان ها عوامل ناشناخته ای در القای مرحله جنسی قارچ آلترناریا آلترناتا دخالت دارند.

سابقه و هدف: ماکارونی از سال 1313 در ایران تولید می شود، اما کیفیت آن به دلیل عدم دسترسی به گندم دوروم و فناوری تولید سمولینا، مطلوب نیست. این مطالعه با هدف ارزیابی اثر پروتئاز قلیایی باسیلوس لیکنی فورمیس بر خواص کیفی، رئولوژیکی و حسی ماکارونی غنی شده با سویا انجام شد.مواد و روش ها: مقدار 1 کیلوگرم نمونه از خمیر و ماکارونی خشک طبق روش استاندارد برای ارزیابی ویژگی های کیفی، رئولوژیکی و حسی ماکارونی با افزودن پروتئین سویا هیدرولیز شده مورد استفاده قرار گرفت. از باکتری باسیلوس لیکنی فرمیس به دلیل قابلیت تولید آنزیم پروتئاز قلیایی برای هیدرولیز پروتئین های سویا استفاده شد. تولید پروتئاز قلیایی در کشت غوطه ور باسیلوس لیکنی فرمیس در 9 pH و حرارت 30 درجه سلیسیوس در مدت 3 روز انجام شد.یافته ها: با افزودن 20 درصد پروتئین سویا هیدرولیز شده، زمان پخت به میزان 15.78 درصد، مقاومت در برابر شکست یک رشته ماکارونی خشک به میزان 18.13 درصد، زمان گسترش خمیر به میزان 29.02 درصد و درجه سست شدن خمیر به میزان 6.27 درصد کاهش یافت. همچنین عوامل افت پخت به میزان 37.37 درصد، چسبندگی به میزان 57.24 درصد، میزان جذب آب به مقدار 5.55 درصد و زمان پایداری خمیر به میزان 16.44 درصد افزایش یافت. پذیرش کلی خواص حسی ماکارونی در نمونه حاوی 20 درصد پروتئین سویا هیدرولیز شده، 33 درصد نسبت به نمونه بدون آن بدتر بود. حداکثر میزان پروتئین سویا هیدرولیز شده قابل استفاده در فرمولاسیون خمیر ماکارونی بدون تاثیر منفی بر ویژگی های آن، 5 درصد تعیین گردید.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که پروتئین سویا هیدرولیز شده گزینه مناسبی برای غنی سازی ماکارونی نمی باشد.

سابقه و هدف: استفاده روزافزون از فرآورده های غذایی صنعتی به جای محصولات سنتی، موجب افزایش حذف باکتری های پروبیوتیک می شود. این مطالعه با هدف جداسازی، شناسایی مولکولی و ارزیابی ویژگی های پروبیوتیکی لاکتوباسیلوس های غالب در خمیرترش آرد کامل گندم انجام شد.مواد و روش ها: در این مطالعه تجربی پس از جداسازی و شناسایی لاکتوباسیلوس های غالب خمیرترش آرد کامل گندم، ویژگی های پروبیوتیکی آنها شامل زنده مانی در شرایط شبیه سازی شده دستگاه گوارش، اثرات ضد میکروبی در برابر استافیلوکوکوس اورئوس، لیستریا منوسیتوژنز، اشریشیا کلی، قابلیت تجمعی بر ضد اشریشیا کلی به عنوان یک عامل عفونی روده و همچنین مقاومت این جدایه ها در برابر برخی از آنتی بیوتیک های رایج مورد بررسی قرار گرفت.یافته ها: توالی یابی محصولات واکنش زنجیره ای پلی مراز، منجر به شناسایی لاکتوباسیلوس های اسیدوفیلوس، پلانتاروم، ساکی و برویسبه عنوان لاکتوباسیلوس های غالب خمیرترش آرد کامل گندم شد. از میان این چهار جدایه، لاکتوباسیلوس پلانتاروم دارای بیشترین زنده مانی در شرایط شبیه سازی شده دستگاه گوارش بود. همچنین قطر هاله عدم رشد هر سه باکتری بیماری زا در مجاورت لاکتوباسیلوس پلانتاروم ولاکتوباسیلوس برویس به شکل معنی داری از دو جدایه لاکتیکی دیگر بیشتر بود. مقایسه قابلیت تجمعی جدایه های لاکتیکی بر ضد اشریشیا کلی نیز نشان داد که لاکتوباسیلوس برویس و لاکتوباسیلوس پلانتاروم از توانمندی بیشتری در این خصوص برخوردار می باشند. همچنین این دو جدایه به همراه لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس در برابر آنتی بیوتیک های استرپتومایسین، کانامایسین، ونکومایسین و نالیدیکسیک اسید مقاومت نشان دادند.نتیجه گیری: لاکتوباسیلوس برویس و لاکتوباسیلوس پلانتاروم جدا شده از خمیرترش آرد کامل گندم از قابلیت بالایی برای استفاده به عنوان باکتری های پروبیوتیک در مصارف مختلف غذایی و دارویی برخوردار می باشند.

سابقه و هدف: زیست پالایی فناوری حذف آلودگی های نفتی می باشد. از میان تمامی روش های حذف آلودگی، زیست پالایی به کمک فرآیندهای میکروبی با کمترین مقدار انرژی، ماده شیمیایی و زمان قادر به تبدیل آلاینده ها به مواد غیر سمی می باشند. این مطالعه با هدف جداسازی و شناسایی باکتری تجزیه کننده هیدروکربن های نفتی از مخازن نفتی آسماری اهواز انجام شد.مواد و روش ها: این پژوهش به صورت میدانی در مخازن نفتی آسمار اهواز انجام شد. با استفاده از محیط پایه نمکی، به وسیله غنی سازی چند مرحله ای جدایه ها جداسازی و میزان تحمل نمک آن ها بررسی شد. در نهایت با استفاده از دستگاه کروماتوگرافی گازی، میزان تجزیه و حذف ترکیبات هیدروکربنی توسط باکتری جداسازی شده مورد بررسی قرار گرفت. سپس سویه مورد نظر بر اساس آزمون های بیوشیمیایی و توالی یابی ژن 16S rRNA در حد جنس شناسایی گردید.یافته ها: در این مطالعه یک سویه باکتریایی گرم مثبت هالوتولرانت از جنس استرپتومایسس جداسازی شد. این جدایه رشد قابل قبولی را در غلظت 7.5 درصد نمک نشان داد و قادر به استفاده از نفت به عنوان تنها منبع کربن بود. همچنین این جدایه قادر به کاهش 71.58 درصد هیدروکربن های موجود در محیط پایه نمکی در مدت 10 روز بود.نتیجه گیری: با توجه به نتایج به دست آمده می توان بیان کرد این جدایه قادر به تحمل غلظت بالای نمک و حذف مطلوب ترکیبات هیدروکربنی می باشد. این امر به دلیل تفاوت غلظت نمک مناطق آلوده یک مزیت محسوب می شود. بنابراین با این جدایه می توان ورود آلاینده ها به محیط زیست و عوارض حاصل از آن را کاهش داد.

سابقه و هدف: اصلاح زیستی یکی از روش های پاکسازی آلودگی های نفتی است که به دلیل مزایایی مانند هزینه اندک، کارایی بالا و سازگاری با محیط زیست، در سال های اخیر بسیار مورد توجه بوده است. رودخانه قره سو نیز یکی از مناطقی است که به دلیل مجاورت با پالایشگاه نفت کرمانشاه، در سال های اخیر دچار آلودگی نفتی شده است. این مطالعه با هدف جداسازی و شناسایی باکتری های تجزیه کننده تولوئن از مناطق آلوده به نفت رودخانه قره سو در کرمانشاه انجام شد.مواد و روش ها: این مطالعه به صورت تجربی بر روی نمونه های آب، خاک و لجن فعال مناطق آلوده انجام شد. دو جدایه تجزیه کننده تولوئن با استفاده از غنی سازی بر روی محیط کشت انتخابی حاوی تولوئن به دست آمدند. این جدایه ها با روش های ریخت شناسی کلنی، رنگ آمیزی گرم، آزمون های بیوشیمیایی و توالی یابی ژن 16S rRNA شناسایی شدند. همچنین میزان حذف تولوئن توسط جدایه ها با روش کروماتوگرافی گازی ارزیابی گردید.یافته ها: هر دو جدایه متعلق به گونه باکتریایی سودوموناس پوتیدا بودند. با استفاده از روش کروماتوگرافی گازی ثابت شد که جدایه ها توانستند تولوئن موجود در محیط کشت (با غلظت 0.5 v/v درصد) را در مدت 72 ساعت به ترتیب به میزان 89% و 87% تجزیه نمایند. همچنین این جدایه ها قادر بودند شرایط نامساعد دمایی،pH  و اسمولاریته را تحمل نمایند. همچنین اثبات گردید که این جدایه ها قادرند در حضور دیگر آلاینده های نفتی (بنزن، اتیل بنزن، زایلن) نیز به طور کارآمد به فعالیت و رشد خود ادامه دهند.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که این جدایه ها به دلیل توانایی رشد در غلظت بالای تولوئن و تجزیه طیف وسیعی از آلاینده ها می توانند کارآیی بالایی برای حذف آلاینده های نفتی از محیط زیست داشته باشند.

کلستریدیوم پرفرنجنس یک باکتری بی هوازی، گرم مثبت، تولید کننده سم و عامل بیماری انتروتوکسمی در دام ها است. خاک به عنوان مخزن اسپور این باکتری مطرح می باشد. این مطالعه با هدف ژنوتایپینگ کلستریدیوم پرفرنجنس جدا شده از روده گوسفندان مبتلا به آنتروتوکسمی و خاک مناطق سردسیر استان کرمان با روشMultiplex PCR  انجام شد. این پژوهش به صورت مقطعی - توصیفی بر روی 50 نمونه خاک و 50 نمونه روده دام جمع آوری شده از سه شهرستان سردسیر استان کرمان به منظور جداسازی جدایه های کلستریدیوم پرفرینجنس انجام شد. پس از غنی سازی نمونه ها و کشت در محیط اختصاصی و انجام آزمون های تاییدی با استفاده از ازمون های بیوشیمیایی سویه های احتمالی کلستریدیوم شناسایی گردید. سپس ژنوتایپنگ سویه های کلستریدیوم پرفرینجنس با استفاده از روش واکنش زنجیره ای پلی مراز چندگانه انجام شد. از مجموع نمونه های مورد پژوهش، 42 جدایه کلستریدیوم شناسایی شدند که 27 مورد آن مربوط به محتویات روده دام بود. همچنین از 10 نمونه خاک آلوده به کلستریدیوم در 5 نمونه کلستریدیوم پرفرینجنس تایید گردید. ژنوتایپ های D و A به ترتیب با فراوانی 52 و 30 درصد به ترتیب فراوان ترین ژنوتایپ های شناسایی شده از روده و خاک بودند. پژوهش حاضر نشان داد که کلستریدیوم پرفرینجنس شایع ترین گونه جدا شده در بین سایر گونه ها در گوسفندان مبتلا و خاک است. همچنین تایپ D نسبت به سایر تایپ ها از شیوع بیشتری برخوردار بود.