دنیای میکروب ها
سال:1388 | دوره:2 | شماره:2 |تعداد مقالات:9

سابقه و هدف: روش های سنتی در تشخیص باکتری های پاتوژن منتقله از طریق غذا بسیار وقت گیر و زمانبر می باشند، بنابراین استفاده از روش های دقیق و قابل اطمینان در تشخیص پاتوژن های میکروبی مورد نیاز است. هدف از این پژوهش طراحی پرایمرهای یونیورسال برای تکثیر ژن23S rDNA  و هیبریدیزاسیون ریز آرایه های الیگونوکلئوتیدی به منظور ارزیابی کارایی و عملکرد توالی 23S rDNA در تشخیص باکتری های منتقل شونده از طریق غذا می باشد.مواد و روش ها: با مقایسه نواحی ثابت و متغیر ژن23S rDNA  از 9 گونه باکتری پاتوژن منتقله از طریق غذا و با استفاده از اطلاعات موجود در بانک ژنی، طراحی پروب های الیگونوکلئوتیدی با استفاده از نرم افزار Vector NTI صورت گرفت. پروب های الیگونوکلئوتیدی برای هر گونه از باکتری ها (مجموعا 28 پروب) برای اتصال به غشای نیتروسلولزی استفاده شد.PCR  از ژن مذکور با استفاده از یک جفت پرایمر یونیورسال نشان دار شده توسط Digoxigenin  صورت گرفت. سپس محصولات بدست آمده با آرایه های نوکلئوتیدی متصل به غشای نیتروسلولزی هیبربد گردیدند.یافته ها: در این مطالعه از اشریشیا کلی، لیستریا مونوسیتوژنز، انتروکوکوس فکالیس، ویبریو کلرا، شیگلا دیسانتری، استافیلوکوکوس اورئوس، سالمونلا انتریکا، پروتئوس ولگاریس و باسیلوس سرئوس به عنوان شایع ترین باکتری های پاتوژن منتقله از طریق غذا استفاده گردید. نتایج نشان داد که به استثنای شیگلا دیسانتری سایر باکتری ها قادر به تشخیص و شناسایی توسط ریز آرایه های الیگونوکلئوتیدی می باشند. حساسیت روش ریز آرایه ها 103 واحد تشکیل دهنده کلنی (CFU) محاسبه گردید.نتیجه گیری: این مطالعه نشان داد که 23S rDNA، به دلیل داشتن نواحی متغییر کافی و همچنین با استفاده از پرایمرهای یونیورسال و تکثیر نواحی حفاظت شده ژن یاد شده می توان در تشخیص باکتری های پاتوژن استفاده نمود. بنابراین تکنیک ریزآرایه های الیگونوکلئوتیدی یک روش سریع و قدرتمند در تشخیص این پاتوژن ها می باشد.

سابقه و هدف: چندین روز پس از عفونت با ویروس HIV و قبل از تغییرات سرمی در مرحله وجود RNA ویروس در خون، آنتی ژن p24 در خون قابل سنجش است. مطالعات نشان می دهد در مراحل اولیه عفونت آنتی ژن p24 بسیار زودتر از آنتی بادی بر علیه ویروس ظاهر می شود. بنابراین ارزیابی آنتی ژن p24 ویروس می تواند شاخص مناسبی برای تشخیص عفونت در مراحل اولیه بیماری باشد. هدف از این پژوهش استفاده از روش الایزا برای تشخیص آنتی ژن p24 با حساسیت و ویژگی بالا و مقایسه آن با روش های دیگر تشخیصی به منظور تشخیص عفونت در مراحل اولیه می باشد.مواد و روش ها: 300 نمونه خون با کیت نسل سوم تعیین آنتی بادی بر علیه HIV مورد آزمایش قرار گرفت. 30 نمونه مثبت از مرکز تحقیقات ایدز و از بیماران تایید شده با روش ایمونوبلات و NAT جمع آوری شد. تمام نمونه ها با کیت طراحی شده آنتی ژن p24 به روش الیزا مورد بررسی قرار گرفت. برای حذف اثر تداخلی احتمالی وجود آنتی بادی بر علیه آنتی ژن p24، نمونه سرم هایی که تست آنتی بادی آنها مثبت بود با محلول های مختلفی مانند بافر گلیسین 1.5 مولار با pH 2، اسید کلریک 0.5 نرمال، ترایتون X-100 با غلظت 0.1 درصد، بافر قلیایی شماره 1 و شماره 2 مجاور شدند.نتایج: از 30 نمونه مثبت در 21 مورد تست آنتی ژن در کیت طراحی شده با آنتی بادی منوکلونال انسانی و 18 مورد در کیت طراحی شده با آنتی بادی منوکلونال موشی قبل از مجاورت با محلول گلیسین مثبت شد (حساسیت تشخیصی به ترتیب 70% و 60%). پس از مجاور سازی 28 نمونه در کیت طراحی شده با آنتی بادی منوکلونال انسانی و 27 مورد در کیت طراحی شده با آنتی بادی منوکلونال موشی مثبت شد (حساسیت تشخیصی به ترتیب 93% و 90%). در کیت طراحی شده برای تشخیص آنتی ژن p24 حد مرزی بر مبنای جذب نوری نمونه های منفی 0.15 (معادل 2 پیکوگرم در میلی لیتر آنتی ژنp24 ) تعیین شد. اختلاف بین میانگین جذب نوری نمونه های مثبت و منفی در تست آنتی ژن از نظر آماری با P<0.005 قابل توجه بود (جذب نوری 1.6 در مقابل 0.08). حساسیت آنالیتیک سنجش با استفاده از آنتی بادی منوکلونال انسانی و استفاده از آنتی ژن 1WHO واحد در میلی لیتر و با آنتی ژن نوترکیب 2 پیکوگرم در میلی لیتر بدست آمد که در استفاده از آنتی بادی منوکلونال موشی این مقدار به ترتیب 4 و 8 بود. بر اساس نتایج حاصل از نمونه های منفی اختصاصیت سنجش 100% محاسبه گردید. مجاور سازی نمونه سرم های مثبت و نمونه هایی از پانل BBI دارای تست آنتی ژن و آنتی بادی و PCR بافر گلیسین 1.5 مولار با2pH باعث افزایش حساسیت تشخیصی گردید (70% در مقابل 93%).نتیجه گیری: این تست حساسیت و ویژگی بالایی برای تشخیص HIV دارد و در مقایسه با روش های دیگر تشخیص، ساده، سریع، دقیق و از نظر اقتصادی مقرون به صرفه می باشد. از این تست در غربالگری نوزادان تولد یافته از مادران HIV مثبت و همچنین تعیین تکلیف در مورد افرادی که تست الیزا نسل چهارم مثبت داشته ولی تست وسترن بلات آن را تایید نکرده می توان استفاده کرد.

سابقه و هدف: فنل و مشتقات آن ترکیباتی به شدت سمی می باشد که به راحتی می توان آنها را از پساب های صنایع مختلفی مانند پالایشگاه های نفت، صنایع پتروشیمی، معادن به ویژه زغال سنگ و کارخانه های مواد شیمیایی جداسازی کرد. به همین دلیل ورود این مواد به محیط زیست باعث آلودگی های شدید زیست محیطی به ویژه منابع آبی می شود. در گذشته از روش های فیزیکوشیمیایی برای حذف فنل و مشتقات آن استفاده می شد اما امروزه تصفیه زیستی در اولویت قرار دارد. هدف از این پژوهش شناسایی و جداسازی باکتری های تجزیه کننده فنل از دریاچه پریشان و بررسی سینتیک رشد آنها می باشد.روش کار: 60 نمونه از مناطق مختلف دریاچه پریشان جمع آوری گردید. جداسازی باکتری های تجزیه کننده فنل با کشت نمونه ها بر روی محیط پایه نمکی فنل براث انجام شد. برای غربالگری باکتری های تجزیه کننده فنل معرف برموتیمول بلو به محیط اضافه گردید. در نهایت با کشت باکتری ها در غلظت های 0.2 تا 0.9 گرم در لیتر فنل ، توانایی تجزیه زیستی فنل اندازه گیری شد.یافته ها: باکتری های کشت داده شده در محیط پایه نمکی فنل براث دارای معرف، رنگ محیط را به دلیل استفاده از فنل و کاهش pH از رنگ سبز به زرد تغییر داده بودند. سودوموناس، اسینتوباکتر، کلبسیلا، سیتروباکتر و شیگلا به ترتیب غالب ترین باکتری های تجزیه کننده فنل جدا شده از دریاچه پریشان بودند که فراوانی وسیعی را در قسمت های مختلف دریاچه داشتند. اکثر باکتری های جدا شده قدرت خوبی در تجزیه فنل نشان دادند به طوری که گونه های سودوموناس و اسینتوباکتر تا غلظت 0.9-0.8 گرم در لیتر، گونه های کلبسیلا، سیتروباکتر و شیگلا تا غلظت 0.7-0.6 گرم در لیتر فنل و بقیه تا غلظت حدود 0.3-0.2 گرم در لیتر توانایی تجزیه فنل را داشتند.نتیجه گیری: یافته های این پژوهش نشان می دهد که دریاچه پریشان دارای تعداد زیادی از باکتری های تجزیه کننده فنل به ویژه جنس های سودوموناس و استینوباکتر است که قدرت تجزیه ای بالایی دارند.

سابقه و هدف: هلیکوباکتر هپاتیکوس یکی از شایع ترین گونه های هلیکوباکتر می باشد. این باکتری یکی از عوامل مهم ایجاد بیماری های گوناگون گوارشی، صفراوی و کبدی می باشد. موش متداول ترین میزبان این باکتری است و نقش مهمی در انتقال بیماری های مشترک انسان و حیوان دارد. هدف از این پژوهش تعیین میزان شیوع هلیکوباکتر هپاتیکوس در موش های خانگی سطح استان اصفهان با روش PCR می باشد.مواد و روش ها: این پژوهش یک بررسی مقطعی - توصیفی است که در تابستان 1388 بر روی 261 موش جمع آوری شده از سطح استان اصفهان انجام گردید. پس از تشریح موش ها در شرایط استریل، نمونه ها (بافت کبد) جداسازی گردید. سپس از پرایمر های عمومی به منظور شناسایی جنس هلیکوباکتر و از پرایمر های اختصاصی برای شناسایی هلیکوباکتر هپاتیکوس استفاده گردید.یافته ها: جنس هلیکوباکتر در 72% از کل نمونه ها شناسایی گردید. از این میزان 42% متعلق به گونه هپاتیکوس بود. با آزمون آماری نسبت ها مشخص شد که ارتباط معنی داری بین جنس هلیکوباکتر و گونه هپاتیکوس در تمام مناطق مورد بررسی وجود دارد.نتیجه گیری: با توجه به اینکه منطقه مورد بررسی، یکی از مناطق پرخطر از نظر ابتلا به گونه های مختلف هلیکوباکتر محسوب می شود، انجام پایش گسترده و حذف موش های خانگی به منظور کاهش خطر ابتلا به بیماری های مختلف ضروری به نظر می رسد.

سابقه و هدف: باکتری های سالمونلا ابورتوس اویس و بروسلا از مهم ترین عوامل سقط جنین گوسفند در سراسر دنیا می باشند. روش های مستقیم جداسازی باکتری شناسی برای تشخیص این آلودگی ها قابل انجام است اما این روش ها مشکل، زمان بر و خطرناک می باشند. هدف از این پژوهش، مقایسه روش های متداول باکتری شناسی و مولکولی برای شناسایی باکتری های یاد شده می باشد.مواد و روش ها: در این پژوهش به صورت مقطعی - توصیفی، 38 نمونه جنین سقط شده از گله های مختلف گوسفند در استان چهارمحال و بختیاری جمع آوری گردید. سپس با استفاده از روش های مستقیم کشت و PCR چندگانه (mPCR) نمونه ها مورد ارزیابی قرار گرفتند.یافته ها: 5 مورد (13.1%) از نمونه ها به بروسلا، 19 مورد (50%) از نمونه ها به سالمونلا ابورتوس اویس و 4 مورد (10.6%) از نمونه ها به بروسلا و سالمونلا ابورتوس اویس به شکل توام آلوده بودند. در 10 مورد (26.3%) از نمونه ها نیز هیچ آلودگی در روش mPCR تشخیص داده نشد. در بررسی های باکتری شناسی 5 مورد (13.1%) از نمونه ها آلوده به بروسلا، 9 مورد (23.7%) آلوده به سالمونلا ابورتوس اویس و در 24 (63.2%) نمونه نیز هیچ آلودگی تشخیص داده نشد.نتیجه گیری: با توجه به سادگی و توانایی جستجوی هم زمان باکتری ها با روش  PCR چندگانه، استفاده از آن برای تشخیص هم زمان سالمونلا ابورتوس اویس و بروسلا پیشنهاد می شود.

سابقه و هدف: اشریشیا کلی و کلبسیلا نمونیه شایع ترین عوامل ایجاد عفونت های ادراری می باشند و شیوع بتا لاکتامازهای وسیع الطیف (ESBLs)  در این باکتری ها منجر به گسترش مقاومت آنتی بیوتیکی و مرگ و میر بیماران می گردد، مهم ترین راه کنترل ESBLs در باکتری ها، مهار انتشار این سویه ها و استفاده از روش های استاندارد شناسایی ESBLs می باشد. هدف از این پژوهش مقایسه فراوانی بتالاکتامازهای وسیع الطیف در سویه های اشریشیا کلی و کلبسیلا نمونیه در مبتلایان به عفونت های ادراری با تست های فنوتیپی می باشد.مواد و روش ها: این مطالعه به صورت مقطعی-توصیفی و در سال های 89-1388 در بیمارستان های الزهرا و شریعتی در اصفهان انجام گرفت، برای این منظور بر اساس فرمول حجم نمونه، به طور تصادفی 91 نمونه از عفونت های ادراری بررسی گردید، شناسایی باکتری ها بر اساس روش های میکروبیولوژیک، شناسایی ESBLsبا تست های غربالگری و تاییدی و بررسی الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی با روش کربی بائر انجام گردید.یافته ها: فراوانیESBLs در سویه های اشریشیا کلی و کلبسیلا نمونیه به ترتیب 47.97% و 41.66% بود. بر اساس نتایج آنتیبیوگرام: به ترتیب 59.2%، 54.9%، 30.3%، 27.8%، 19.5% و 16.7% از سویه های اشریشیا کلی در برابر کوتریموکسازول، نالیدیکسیک اسید، سیپروفلوکساسین، جنتامایسین، سفتازیدیم و نیتروفورانتوئین و به ترتیب 75%، 50%، 40%، 44.5%، 37.5%، 37.5%، 22.3% و 0% از سویه های کلبسیلا نمونیه دربرابر آمپی سیلین، کوتریموکسازول، نیتروفورانتوئین، سفتازیدیم، آمیکاسین، سفوتاکسیم، ایمی پنم و سیپروفلوکساسین مقاوم بوداند.نتیجه گیری: نتایج حاکی از شیوع بیشتر ESBLs، همچنین مقاومت آنتی بیوتیکی در باکتری های جدا شده از بیماران بستری در مقایسه با بیماران سرپایی بود که این امر بیان گر انتشار گسترده سویه های مقاوم در برابر آنتی بیوتیک در بیمارستان ها می باشد.

سابقه و هدف: بیماری سل ریوی یکی از مهم ترین عوامل عفونی منجر به مرگ و میر جهانی است. از بین مبتلایان به این بیماری تنها 10% از افراد آلوده شده با باکتری مایکوباکتریوم توبرکیلوسیس علایم بیماری را از خود بروز می دهند. این مساله نقش عوامل ژنتیکی را در حساسیت ابتلا به این بیماری را نشان می دهد. هدف از این پژوهش تعیین پلی مورفیسم های ژن رسپتور بتا 1 اینترلوکین 12 در بین بیماران مبتلا به سل ریوی است.مواد و روش ها: این پژوهش به صورت مقطعی-توصیفی بر روی 120 بیمار سل ریوی و 167 کنترل سالم انجام شد. پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی در دو ناحیه + 1637 G/A و + 1664 C/T به وسیله PCR-RFLP تعیین گردید.یافته ها: در بین افراد بیمار و سالم مورد پژوهش هیچ گونه تفاوت عمده ای در توالی آللی نواحی+ 1637 G/A و + 1664 C/T مشاهده نشد (P≤0.05). همچنین هیچ گونه ارتباط معناداری بین پلی مورفیسم ژن رسپتور بتا 1 اینترلوکین 12 و حساسیت به سل ریوی وجود نداشت.نتیجه گیری: با وجود عدم ارتباط بین پلی مورفیسم های ژن رسپتور بتا 1 اینترلوکین 12 و سل ریوی به دلیل نقش موثر عوامل ژنتیکی در حساسیت نسبت به بیماری ها، انجام پژوهش های بیشتر در این مورد پیشنهاد می گردد.

سابقه و هدف: استحصال کانی های سولفیدی در گونه های مختلف باکتری های لیتوتروف با مکانیسم های خاصی انجام می شود. بنابراین امکان بازیابی بیشتر فلزات با تغییر نسبت اختلاط باکتری های یاد شده وجود دارد. با توجه به پیچیده نبودن نیازهای غذایی میکروارگانیسم هایی که برای استحصال فلزات از کانی های سولفیدی استفاده می نمایند، بنابراین ترکیب غذایی محیط کشت می تواند تاثیر قابل توجهی در فرایند بیولیچینگ داشته باشد. هدف از این پژوهش ارزیابی تاثیر نسبت تلقیح گونه های مختلف باکتری های مزوفیل و ترکیب محیط کشت در بیولیچینگ مس از کانسنگ سولفیدی باقیمانده از هیپ شماره 1 معدن مس سرچشمه می باشد.مواد و روش ها: کانسنگ باقیمانده از هیپ شماره 1 معدن مس سرچشمه به علت فروشویی با اسید، بیشتر از نوع سولفیدی می باشد. عیار مس در نمونه گرفته شده از هیپ، 0.23 درصد بود. حدود 66 درصد از کانی های مس، سولفیدی گزارش شد که حدود 51 درصد از آن ها را کالکوپیریت تشکیل می داد. میزان پیریت در نمونه 6 درصد بود. این آزمایش ها در ظروف لرزان (shake flask) و به کمک مخلوطی از باکتری های مزوفیل انجام شد. طراحی آزمایش ها بر اساس طرح فاکتوریل کامل با 2 سطح انجام گرفت.یافته ها: باکتری ها با تولید اسید سولفوریک در محیط باعث انحلال بیشتر و مصرف اسید کمتر می شود. محیط کشت Norris نسبت به محیط کشتk 9 برای خاک سولفیدی مورد نظر موجب بازیابی بالاتر می گردد که دلیل آن، افزایش آهن در محیط جامد در اثر رسوب یون های آهن محلول و احتمالا تشکیل جاروسیت می باشد. از میان عوامل در نظر گرفته شده، نسبت تلقیح تاثیر چندانی در بازیابی نشان نداد و میزان یون آهن افزوده شده تاثیر بسزایی داشت.نتیجه گیری: شرایط بهینه برای حداکثر بازیابی در محیط کشت Norris دارای pH 1.6، افزودن 1.5 گرم در لیتر یون Fe+2 و نسبت های تلقیح باکتری های تیوباسیلوس فرواکسیدانس، تیوباسیلوس تیواکسیدانس و لپتوسپریلیم فرو اکسیدانس به ترتیب 40، 40 و 20 بود. همچنین حداکثر بازیابی مس پس از 25 روز، 66.38% مس بود.