الگوی علم شناسی موضوع محور ارسطویی- سینوی، فلسفه اولی را بحث از عوارض ذاتی «موجود بما هو موجود» دانسته و دو حوزه امور عامه و الهیات بالمعنی الاخص را ذیل آن علم واحد دسته بندی می کرد. با پیشرفت تاریخی علم کلام و غلبه یافتن رویکرد فلسفی در آن، مباحث دو حوزه مذکور از یکدیگر تفکیک شده و با لحاظ کردن آن ها به عنوان دو علم مستقل، به تدریج الگوهای متنوعی، یکی پس از دیگری و هریک با نقد الگوی پیشین، برای وحدت بخشی مباحث امور عامه ارائه گردید. از ملاصدرا به عنوان یک فیلسوف نوآور می توان توقع داشت که در این سیر تاریخی و خصوصا با تحولی که در محتوای فلسفه اولی ایجاد کرده طرح بدیعی نیز برای شناسایی آن عرضه کرده باشد، اما او نامنتظرانه به همان موضع ارسطویی- سینوی بازگشته است. در تییین چرایی اتخاذ این رای، شواهد غیرمقنع و قابل دفعی وجود دارد که نشان می دهد آن موضع، حاصل اندیشه های ابتدایی- و نه نهایی- ملاصدرا بوده است. اما قابل دفاع تر است که آن موضع فلسفه شناسانه ملاصدرا با فلسفه او سازگار دانسته شده و یا اینکه با توجه به قرائن متعدد و از جمله برای حفظ ادعای انقلاب پارادایمی حکمت متعالیه نسبت به سنت های فلسفی پیشین، رخنه ای در اندیشه او محسوب گردد.