در پرتو درمانی، از پرتوهای یون ساز جهت ایجاد آسیب در سلول های سرطانی استفاده می شود. شبیه سازی مونت کارلو برهم کنش های پرتو با DNA، اطلاعات بسیار خوبی درباره نوع آسیب ها و فرایند ترمیم آن ها به ما می دهد که برای درمان سرطان و حفاظت در مقابل پرتوها می تواند بسیار مفید باشد. آسیب های پرتوهای یون ساز شامل شکست های تک رشته ای، دو رشته ای و آسیب بازها (BL, DSB, SSB) هستند که در این میان آسیب های DNA که به طور ناقص، ترمیم شوند یا اصلا ترمیم نشوند، خصوصا از نوع شکست های دو رشته ای می توانند منجر به مرگ سلول شوند. این فرایند در کشتن سلول های سرطانی و درمان آن نقش اساسی ایفا می کند. در این پژوهش ابتدا با کد MCNPX دز در هسته سلول به دست آمده و سپس با شبیه سازی فرایندهای فیزیکی و شیمیایی الکترون های کم انرژی و پرانرژی با کد-DNA4Geant، احتمال شکست های مختلف در DNA سلول محاسبه شده و سپس با کمک برنامه Matlab و مدل سازی ریاضی، زمان ترمیم برای آسیب ها به دست آمده است. نتایج این پژوهش، نشان می دهد که در انرژی های 100 تا300 الکترون ولت تعداد شکست ها افزایش می یابد و سپس در انرژی بالاتر در سلول به دلیل سهم برد پرتوها در هندسه مورد نظر (سلول) تعداد شکست ها کاهش می یابد. هم چنین سرعت واکنش ترمیم از مسیر پیش سازنده اتصال انتهای غیرهمولوگ (NHEJ) برای بازه انرژی eV 100 تا MeV 1 محاسبه شده است. در بخش ترمیم نیز، زمان ترمیم در انرژی های پایین به دلیل فزونی شکست دو رشته ای، نسبت به انرژی های بالاتر، مقدار بیش تری است.