گندم به عنوان استراتژیک ترین محصول کشاورزی، در امنیت غذایی بشر از اهمیت زیاد برخوردار بوده و بیش ترین سطح زیر کشت در کشور را به خود اختصاص داده است. قارچ های موجود روی ریشه و طوقه ی این گیاه در میزان تولید و عملکرد آن نقش بسزایی دارند. لذابه منظور شناسایی فلور قارچی ریشه و طوقه ی گندم در استان زنجان، در طی سال زارعی 90-1389 از 58 مزرعه ی گندم کشت دیم و آبی استان نمونه برداری به عمل آمد و در مجموع 286 جدایه ی قارچ بدست آمد که از این میان، 248 جدایه متعلق به هیفومیست ها بر اساس ویژگی های پرگنه، ویژگی های میکروسکوپی و استفاده از کلید های معتبر مورد بررسی قرار گرفتند. جهت کمک به شناسایی، جدایه ها تکثیر شده و توالی یابی نواحی ITS1-5. 8S-ITS2 توسط جفت آغازگر ITS1/ITS4 انجام شد و این جدایه ها در 10 جنس و 23 گونه (Alternaria alternata, A. atrum, A. chlamydospora, A. tenuissima, Aspergillus auricomus, A. niger, Bipolaris. sorokiniana, Botrytis cinerea, Curvularia australiensis, C. inaequalis, Fusarium acuminatum, F. avenaceum, F. chlamydosporum, F. equiseti, F. redolens, F. sambucinum, F. scirpi, F. solani, F. tricinctum, Microdochium nivale, Periconia circinata, Penicillium chrysogenum, Trichoderma atroviride, ) قرار گرفتند. آزمون بیماری زایی برخی از جدایه های قارچی بدست آمده در قالب طرح کاملا تصادفی با سه تکرار برای هر تیمار در شرایط گلخانه انجام شد. نتایج نشان داد که قارچ های B. cinerea، B. sorokiniana، F. avenaceum، F. acuminatum، P. circinata، C. australiensis، F. equiseti، F. solani و A. chlamydospora سبب ایجاد علائم بیماری در میزبان با شدت های مختلف شدند. در این بین قارچ های B. cinerea، B. sorokiniana، F. avenaceumوF. acuminatum به ترتیب بیش ترین علائم نکروز را در ریشه ایجاد کردند. در میان گونه های شناسایی شده قارچ A. auricomusبرای نخستین بار از ریزوسفر گندم در ایران و قارچ های A. tenuissima, B. cinerea, C. inaequalis, E. chlamydospora, . F. avenaceum, F. chlamydosporum, . F scirpi, F. tricinctum, M. nivale, P. circinata, P. chrysogenumو T. atrovirideبرای نخستین بار از استان زنجان گزارش می-شوند. بیماری زایی قارچ B. cinerea روی گندم نیز برای اولین بار از ایران گزارش می شود.