مدیریت کمی و کیفی منابع آب به منظور تامین نیازهای آبی برای کاربری های مختلف از رویکردهای مهم سیاست گذاری در هر کشور است. در این راستا پایش کیفیت آب مخازن سدها به عنوان یک گام اساسی در مدیریت این منابع با ارزش اهمیت ویژه ای دارد. کاهش هزینه های عملیات پایش و طراحی شبکه پایش که بیشینه اطلاعات از آن حاصل شود، از اهداف مشترک همه برنامه های پایش است. در این تحقیق سعی شده است با استفاده از مدل کیفی CE-QUAL-W2 نقاطی از مخزن سد کرخه که مقادیر شاخص های کیفی در طول زمان در آن ها تغییرات زیادی را نشان می دهد شناسایی شود. برای این منظور، کنترل تغذیه گرایی در مخزن سد به عنوان هدف عملیات پایش در نظر گرفته شد و با توجه به اینکه چهار پارامتر اورتوفسفات، نیترات، کلروفیلa و اکسیژن محلول تاثیر زیادی در ایجاد بستر مناسب برای رشد ماکروفیت ها، جلبک ها و انواع علف های هرز آبی دارند، این چهار شاخص مورد مطالعه قرار گرفتند. با استفاده از مقادیر اندازه گیری شده شاخص های مورد مطالعه در یک دوره چهارده ماهه از اردیبهشت ماه 1384 تا تیر ماه 1385 مدل پیش بینی کیفیت دوبعدی CE-QUAL-W2 کالیبره و واسنجی شد و با استفاده از سری زمانی شاخص های کیفی در سلول های مدل، مقادیر واریانس زمانی محاسبه شده و نقاطی که دارای واریانس زمانی بیشینه است به عنوان نقاط بحرانی از نظر پایش کیفیت معرفی شدند. نتایج بدست آمده بیانگر کارایی متدولوژی پیشنهادی در تعیین نقاط بحرانی به منظور پایش کیفی مخازن سدها است.