در آثار صدرا بحثی منسجم درباره فطرت انسانی یافت نمی شود، ولی به طور پراکنده مباحث مهمی را در این باب مطرح کرده است. واژه «فطرت» در آثار صدرا مفهوم های متعددی یافته است: استعداد تکامل، استعداد قوه کسب معارف، وجود اندکاکی و اندماجی انسان در مرتبه ذات ربوبی و حالت اعتدالی روح. هرچند اخوان الصفا برای نخستین بار آموزهٔ خداشناسی فطری را در منبعی فلسفی مطرح کردند و ابن سینا و سهروردی نیز اندیشه هایی قابل ارجاع به خداگرایی فطری دارند، ولی این صدرا است که با تمسک به نظریه اتحاد عاقل و معقول و به دست دادن تحلیلی ویژه از فرآیند ادراک و ضمیمه کردن نظریه ارجاع علیت به تشون، تقریری جدید از خداشناسی فطری عرضه کرده است. این تقریر از نخستین تلاش ها برای مستندسازی آموزه معرفت فطری خداوند، به انگاره های عقلانی و فلسفی محسوب می شود. صدرا همچنین به فطری بودن برخی ادراکات همچون استحاله ترجیح بلامرجح، و نیز برخی گرایش ها همچون کمال گرایی، حقیقت طلبی، طاعت گرایی، معصیت ستیزی و... در ساحت وجودی آدمی تصریح کرده است.