اهداف: درمان فوری مننژیت باکتریایی به عنوان اورژانس پزشکی مستلزم تشخیص سریع و دقیق است. این امر می تواند از مرگ و میر یا عوارض بعدی پیشگیری نماید. از این رو، هدف این تحقیق، راه اندازی روش تشخیص مولکولی مولتی پلکس PCR برای شناسایی مننژیت باکتریایی و تشخیص عوامل شایع آن بود.مواد و روش ها: در این تحقیق، از پرایمر یونیورسال و نیز پرایمرهای اختصاصی استفاده شد. ژنوم 20 سویه باکتریایی استخراج و با شرایط استاندارد شده، طی دو مرحله تحت PCR قرار گرفت. محصول PCR با ژل آگاروز %1 الکتروفورز و با سویه های استاندارد مقایسه شد. نتایج با استفاده از آنزیم Hea III تایید گردید.یافته ها: استخراج ژنوم حداقل 10 باکتری در یک میلی لیتر محیط کشت برای شناسایی ضروری بود. استفاده از پرایمر یونیورسال ساخته شده از ژن 16SrRNA امکان تکثیر یک قطعه 1000 جفت بازی را فراهم کرد. این قطعه در تمام سویه های مورد مطالعه مشاهده شد. استفاده از پرایمر اختصاصی برای نایسریا مننژیتیدیس یک قطعه 700 جفت بازی، برای هموفیلوس انفلونزا یک قطعه 500 جفت بازی و استرپتوکوکوس پنومونیه یک قطعه 300 جفت بازی ایجاد نمود.نتیجه گیری: روش مولکولی در فاصله حدود 3 ساعت وجود مننژیت باکتریایی را نشان می دهد و عوامل آن را شناسایی می کند. استفاده از این روش در آزمایشگاه های تشخیص طبی موجب ارتقای سطح کیفی می شود و سرعت تشخیص را نیز افزایش می دهد.