گاهی فقط یک جهش ژنتیکی بدون اینکه تغییری در بیماریزایی میکروب بوجود آورد سبب مقاوم شدن میکروارگانیسم در برابر آنتی بیوتیک میشود. به عنوان مثال میکوباکتریوم سلی این وضع را در برابر استرپتومایسین پیدا کرده است. برای جلوگیری از پیدایش این نوع مقاومت باید از توام نمودن چند دارو استفاده کرده و با مقدار کافی و مدت طولانی بکار برد تا میکروب از بین برود و از سرایت آن از فرد بیمار به سالم (سرایت میکروب مقاوم) جلوگیری شود. ولی متاسفانه با پیدایش میکوباکتریوم های مقاوم به چند داروی ضد سل متوجه میشویم که مسئله به این سادگی و راحتی نیست. مثال دیگری درباره جهش که منجر به مقاومت میکروارگانیسم میشود عبارتست از مقاوم شدن استافیلوکک و پسودومناآئروژینوزا به فلوروکینولون ...