مقدمه: در مطالعات مختلف آلودگی ویروسی به عنوان یکی از دلایل سرطان پستان پیشنهاد شده است اما نتایج تحقیقاتی که ارتباط بین ویروس و سرطان را بحث نموده اند متناقض است. این مطالعه به منظور بررسی حضور ژنوم HPV16, 18 در نمونه های بافتی سرطان پستان در استان اصفهان انجام شد. مواد و روش ها: بلوک های پارافینه از 40 بافت سرطانی و 20 بافت سالم پستان از زنان استان اصفهان تهیه شدند. پس از استخراجDNA و تکثیر با ژن خانه دار بتااکتین به منظور بررسی کیفیت DNA استخراج شده، نمونه های DNA باکیفیت مناسب برای بررسی حضور DNA ویروس HPV16, 18 با روش PCR و استفاده از پرایمرهای اختصاصی ویروس آزمایش شدند. داده ها با آزمون کرامر و نرم افزار SPSS16 تحلیل شدند. یافته ها: حضور DNA ویروس HPV16در 3 مورد از 40 نمونه توموری (5/%7) و DNA ویروس HPV18 در 8 مورد از 40 نمونه توموری (%20) مشاهده گردید. در هیچ یک از نمونه های شاهد DNA ویروسHPV16, 18 یافت نشد. مقدار ضریب همبستگی کرامر برای HPV16 برابر با 197/0 و سطح معنا داری 077/0 و مقدار ضریب همبستگی کرامر برای HPV18 برابر با 333/0 و سطح معنا داری 003/0 بود. بحث و نتیجه گیری: در استان اصفهان بین ویروس HPV18 و سرطان پستان در زنان ارتباط معنادار وجود دارد ولی بین ویروس HPV16 و سرطان پستان در زنان ارتباط معناداری وجود ندارد. بنابراین، مطالعات بیشتری در مناطق دیگر برای مشخص کردن مکانیسم های پاتوفیزیولوژی در مورد ارتباط HPV16, 18 و سرطان پستان موردنیاز است.