برنج منبع غذایی اصلی بیش از نیمی از جمعیت جهان بوده و نقش مهمی در تغذیه این جمعیت دارد. از آنجایی که برنج به صورت دانه کامل مصرف می شود کیفیت آن اهمیت ویژه ای دارد. در راستای بررسی کیفیت فیزیکی و شیمیایی دانه برنج، در سال زراعی 95-1394، 90 ژنوتیپ برنج در قالب طرح لاتیس در شرایط نرمال و تنش خشکی در مزرعه تحقیقاتی دانشگاه گنبدکاووس کاشته شدند. دراین تحقیق صفات طول دانه، عرض دانه، محیط دانه، مساحت دانه، قطر معادل، خروج از مرکز، میزان آمیلوز، درصد پروتیین و درجه حرارت ژلاتینه شدن اندازه گیری شدند. نتایج سودمندی نشانگر-های ریز ماهواره بیانگر وجود 54 آلل چند شکل و همچنین به طور میانگین 4. 9 آلل برای هر نشانگر بود که بیشترین تعداد آنها مربوط به نشانگرهای RM333 وRM589 با 7 آلل بود. تجزیه به مختصات اصلی نشانگر های SSR نشان داد که 10 مولفه اول توانستند 55. 58 درصد از تغییرات را توجیه نمایند. تعیین الگو ی باندی ژنوتیپ های مورد مطالعه نشان داد که در شرایط نرمال برای صفات کیفی، ژنوتیپ های 216L، IR59673-93-2-3 و AZUCENA. BALA. 225 دارای بیشترین میزان آمیلوز (به ترتیب با 25. 8، 25. 2 و 24. 5) درصد بودند. نتایج حاصل از بررسی تجزیه ارتباط بین صفات اندازه-گیری شده با نشانگر های به کار رفته در این آزمایش نشان داد از میان 104 آلل موثر بر صفات مورد ارزیابی، درجه حرارت ژلاتینه شدن در شرایط نرمال تحت تاثیر سه آلل می باشد و صفات مقدار آمیلوز و میزان پروتیین هر دو تحت تاثیر دو آلل می باشد. آلل RM587-B کنترل کننده دو صفت درجه حرارت ژلاتینه شدن و میزان پروتیین در شرایط نرمال می باشد و معنی دار میباشد. در میان صفت های مرتبط با کیفیت دانه برنج در شرایط نرمال آلل RM587-B در کنترل صفات درجه حرارت ژلاتینه شدن و میزان پروتیین موثر بود. با توجه به نتایج بدست آمده از این ارزیابی می-توان از این صفات در برنامه های به نژادی استفاده کرد.