دشت جعفریه بخشی از حوزه آبخیز دریاچه نمک می باشد که به علت خشکسالی ها و استفاده بیش از حد از منابع آب زیرزمینی آن، دچار بحران شده است، لذا مطالعه آب های زیرزمینی به عنوان اصلی ترین منبع آب در کل دشت، ضروری به نظر می رسد. هدف از این مطالعه, مدل سازی آبخوان دشت جعفریه با کد MODFLOW در قالب نرم افزار GMS به عنوان مدلی کارآمد در مباحث آب زیرزمینی می باشد. مدل کمی آبخوان دشت جعفریه با استفاده از آمار سطح ایستابی چاه های پیزومتری، در طی دو دوره آماری ده ساله(1381-1371 و 1391-1381) شبیه سازی گردید و در دو حالت ماندگار و غیرماندگار واسنجی مدل صورت گرفت. سپس صحت سنجی مدل با داده های مشاهداتی بررسی گردید. نتایج نشان داد که مدل نسبت به تغییرات تغذیه آب زیرزمینی بیش ترین حساسیت را نشان می دهد و متوسط افت آبخوان در سال های 1371 تا 1380 از 05/0 به 5/1-متر رسیده است. به طوری که بیش ترین افت منطقه در مناطق شرقی محدوده مورد مطالعه می باشد. همچنین متوسط افت آبخوان در سال های 1391-1381، از 26/0-به 2/7-متر رسیده است که نشان دهنده این است در این دوره آبخوان با شدت بیش تری افت پیدا کرده است و بیش ترین افت آن در مناطق شمال غربی و جنوب شرقی منطقه می باشد.