در مطالعه حاضر با هدف شناسایی جمعیت های احتمالی و بررسی میزان تنوع ژنتیکی جمعیت های شیرماهی (Scomberomorus commerson) خلیج فارس از پنج جفت آغازگر میکروستلایتی (C83Sc, D61Sc, H96Sc, J43Sc, L42Sc) استفاده گردید. نمونه های شیر ماهی از سه ایستگاه بندر دیر، بندربوشهر و بندر چوئبده در آب های شمالی خلیج فارس جمع آوری گردید. جهت تعیین اختلاف ژنتیکی با استفاده از این پنج جایگاه از 115 نمونه شیرماهی استفاده گردید. واکنش PCR با تمام آغازگرها به خوبی انجام شد و تمامی پنج جایگاه در هر سه جمعیت چند شکل بودند. سه آلل اختصاصی در سه جایگاه برای جمعیت دیر و یک آلل اختصاصی در یک جایگاه برای جمعیت بوشهر بدست آمد. در بررسی تعادل هاردی - واینبرگ هر سه جمعیت در تمامی جایگاه های ژنی مورد بررسی خارج از تعادل بودند (P<0.001). اختلاف ژنتیکی توسط شاخص Fst برای تخمین ساختار ذخایر اندازه گیری گردید. بر اساس آزمون AMOVA کمترین میزان Fst=0.025 بین نمونه های دیر و بوشهر که دارای جریان ژنی 9.818 بود و بیش ترین میزان Fst=0.057 بین نمونه های دیر و چوئبده که دارای جریان ژنی 4.164 بود مشاهده گردید. نتایج حاکی از آن است که احتمالا یک جمعیت شیرماهی در ایستگاه های نمونه برداری شده وجود دارد و یک مدیریت یکپارچه شیلاتی - ژنتیکی برای استفاده پایدار از این منبع با ارزش لازم و ضروری است.