مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

مقاله مقاله نشریه

مشخصات مقاله

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

video

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

sound

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

بازدید:

159
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

دانلود:

60
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

استناد:

اطلاعات مقاله نشریه

عنوان

شناسایی ژن های کلیدی موثر در تحمل به تنش خشکی در برنج از طریق فراتحلیل داده ‏های ریزآرایه

صفحات

 صفحه شروع 251 | صفحه پایان 276

چکیده

 اهداف: تنش‏های محیطی مانند خشکی, افزایش دما, شوری و افزایش CO2 تهدیدی جدی برای کشاورزی پایدار است. تنش خشکی از مهمترین تنش‏های غیر زیستی در برنج است که باعث کاهش عملکرد محصول می‏شود. تحقیقات متعددی به صورت جداگانه برای شناسایی سازوکار مولکولی پاسخ گیاه به تنش خشکی انجام شده است. بنابراین فراتحلیل می‏تواند با ادغام نتایج مطالعات متعدد مرتبط, منجر به درک بهتر سازوکار‏های تحمل به تنش خشکی شود.
مواد و روش‏ها: در این راستا, چهار سری داده ریزآرایه با کیفیت مناسب برنج تحت تنش خشکی و شرایط طبیعی انتخاب شد و سپس توسط بسته ‏limma نرم‏افزار R آنالیز شد. جهت فراتحلیل از بسته ‏meta RNAseq و روش Fisher برای یکی کردن p-valueهای حاصل از تجزیه انفرادی داده‏های مورد بررسی استفاده شد. ژن‏های متفاوت بیان شونده فراتحلیل دارای افزایش و کاهش بیان تحت تنش خشکی شناسایی شد. سپس هستی‏شناسی ژن (ژن آنتولوژی), شناسایی ژن‏های مرکزی یا هاب و آنالیز شبکه هم بیانی انجام شد. نتایج حاصل با آزمایش real-time quantitative PCR در رقم برنج هاشمی حساس و رقم بومی متحمل به تنش کمبود آب در شرایط درون شیشه‏ای با تیمار PEG ارزیابی گردید.
یافته‏ها: از نتایج مطالعه حاضر 578 ژن با افزایش بیان و 660 ژن با کاهش بیان بدست آمد. تجزیه و تحلیل هستی‏شناسی ژن(GO) سازوکارهای پاسخ به خشکی را نشان داد و ترسیم شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئین مشخص کرد که ژن های مرکزی متفاوت بیان شونده دارای کاهش بیان تحت تنش خشکی حاصل از این مطالعه عمدتاً مربوط به فرایند فتوسنتز و ژن های مرکزی متفاوت بیان شونده دارای افزایش بیان تحت تنش خشکی عمدتاً مربوط به تحمل تنش شامل ژن های HSP, LEAs, PP2Cs هستند. در نهایت, داده‏های به دست آمده از این فراتحلیل با real-time quantitative PCR بر روی ژن‏های پراکسیداز 47, OsDSSR1, homeobox-leucine zipper protein و یک ژن ناشناخته تایید شد. این یافته‏ها به طور قابل توجهی درک ما را از مسیر تنش خشکی بهبود می‏دهد. شناسایی ژن‏های مرکزی در این مطالعه می‏تواند برای به دست آوردن یک نمای کلی از ژن‏های مرکزی که نقش مهمی در پاسخ به تنش خشکی در برنج دارند, موثر باشد.
نتیجه‏گیری: شناسایی ژن‏های پایین دست ژن مرکزی می‏تواند در تهیه برنج متحمل به تنش خشکی از طریق روش‏های اصلاحی کلاسیک با هرمی‏سازی این ژن‏ها یا از طریق دستکاری ژنوم کمک نماید و تحمل به تنش خشکی را افزایش دهد و در نتیجه منجر به کشاورزی پایدار شود.

چندرسانه ای

  • ثبت نشده است.

    • استنادها

  • ثبت نشده است.

    • ارجاعات

  • ثبت نشده است.

    • استناددهی

    مقالات مرتبط نشریه ای

  • ثبت نشده است.

    • مقالات مرتبط همایشی

  • ثبت نشده است.

    • طرح های مرتبط

  • ثبت نشده است.

    • کارگاه های پیشنهادی






    بازگشت به بالا
    telegram sharing button
    whatsapp sharing button
    linkedin sharing button
    twitter sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    sharethis sharing button