مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

video

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

sound

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

بازدید:

904
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

دانلود:

340
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

استناد:

اطلاعات مقاله نشریه

عنوان

بررسی تغییرات ساختاری و فیلوژنتیک ناحیه DQA از MHC کلاس II گاو

صفحات

 صفحه شروع 34 | صفحه پایان 42

چکیده

 پروتئین BoLA-DQA, ناحیه ای با چندشکلی بسیار بالا در کلاس MHC-II است که نقش مهمی در پاسخ های ایمنی, حساسیت و مقاومت به بیماری ها, واکسیناسیون و فاکتورهای تولیدی ایفا می کند. در این مقاله جنبه های تغییرپذیری ساختاری و فیلوژنتیک لوکوسBoLA-DQA  شناسایی شد. توالی پروتئینی آلل های BoLA-DQA از پایگاه داده ها استخراج گردید. پلات تغییرپذیری برای 60 آلل با استفاده از روش آنتروپی پلات شانون از روی همردیفی توالی با الگوریتم ClustalW2 ترسیم و نواحی بسیار متغیر (HVRs) بررسی شد. سپس با همولوژی مدلینگ تحت تدابیر ویژه ساختارسوم پروتئین به دست آمده, بهینه سازی انرژی و اعتبارسنجی مدل انجام شد. نهایتا فیلوژنی, گروه بندی آللی و تخمین واگرایی تکاملی با استفاده از روش حداکثر درست نمائی انجام گرفت. جهت جستجوی مکاشفه ای درخت اولیه, الگوریتم های Neighbor-Joining و BioNJ برای ماتریکس فاصله جفتی با مدل JTT به کار برده شد. هفت ناحیهHVR  و تعدادی نواحی نیمه متغیر در آنالیز تغییر پذیری به دست آمد که متغیرترین, ناحیه آمینواسیدی 93-90 بود. این HVR ها در همه تحت ساختارها پس از همولوژی مدلینگ پروتئین BoLA-DQA (با اعتبار 97.5) قابل مشاهده بود. همچنین در آنالیز فیلوژنی, آلل ها در پنج خوشه گروه بندی گردید. ارزیابی تکاملی درخت نشان داد که رده های آللی قدیمی تر 2103* و 2602* و جدیدتر احتمالا آلل 1204*, 0302* و 2207* می باشند. دستاوردهای مطالعه حاضر می تواند امر طراحی واکسن علیه بیماری های عفونی را تسهیل و از طریق پیش بینی فاکتورهای تولید بالا در گاو باعث تسهیل انتخاب شود.

استنادها

  • ثبت نشده است.
  • ارجاعات

  • ثبت نشده است.
  • استناددهی

    APA: کپی

    رنجبر، محمدمهدی، عطایی کچویی، سعید، و متدین، محمدحسن. (1396). بررسی تغییرات ساختاری و فیلوژنتیک ناحیه DQA از MHC کلاس II گاو. تحقیقات دامپزشکی و فرآورده های بیولوژیک (پژوهش و سازندگی)، 30(3 (پیاپی 116))، 34-42. SID. https://sid.ir/paper/200866/fa

    Vancouver: کپی

    رنجبر محمدمهدی، عطایی کچویی سعید، متدین محمدحسن. بررسی تغییرات ساختاری و فیلوژنتیک ناحیه DQA از MHC کلاس II گاو. تحقیقات دامپزشکی و فرآورده های بیولوژیک (پژوهش و سازندگی)[Internet]. 1396؛30(3 (پیاپی 116)):34-42. Available from: https://sid.ir/paper/200866/fa

    IEEE: کپی

    محمدمهدی رنجبر، سعید عطایی کچویی، و محمدحسن متدین، “بررسی تغییرات ساختاری و فیلوژنتیک ناحیه DQA از MHC کلاس II گاو،” تحقیقات دامپزشکی و فرآورده های بیولوژیک (پژوهش و سازندگی)، vol. 30، no. 3 (پیاپی 116)، pp. 34–42، 1396، [Online]. Available: https://sid.ir/paper/200866/fa

    مقالات مرتبط نشریه ای

    مقالات مرتبط همایشی

  • ثبت نشده است.
  • طرح های مرتبط

  • ثبت نشده است.
  • کارگاه های پیشنهادی

  • ثبت نشده است.





  • بازگشت به بالا
    telegram sharing button
    whatsapp sharing button
    linkedin sharing button
    twitter sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    sharethis sharing button