مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

مقاله مقاله نشریه

مشخصات مقاله

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

video

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

sound

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

بازدید:

603
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

دانلود:

578
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

استناد:

اطلاعات مقاله نشریه

عنوان

ارزیابی توالی رونوشت گیاه دارویی زیره سبز (Cuminum cyminum) با استفاده از RNA-Seq

صفحات

 صفحه شروع 101 | صفحه پایان 116

چکیده

زیره سبز (Cuminum cyminum L. ) گیاهی گلدار از خانواده چتریان (Apiaceae) است که بومی مناطق شرق مدیترانه تا هند می باشد. به رغم اهمیت دارویی فراوان زیره سبز, اطلاعات بسیار اندکی از ژنوم و مکانیسم های بیوشیمیایی ترکیبات موجود در این گیاه وجود دارد. در مطالعه حاضر جهت ارزیابی توالی رونوشت زیره سبز, از اندام گل (به دلیل تجمع بالای ترکیبات آلدئیدی و محل اصلی بیوسنتز آن), جهت استخراج RNA از چهار نمونه و انجام آنالیز های RNA-Seq استفاده شد. در نهایت, بیش از 153 میلیون خوانش به طول 50 باز از توالی یابی این نمونه ها حاصل شد. سرهم بندی خوانش ها به منظور ایجاد رونوشت های بیان شده توسط نرم افزار Trinity (نسخه 3. 1. 1) و با مقادیر kmer 25 و 32 انجام شد. بهترین سرهم بندی بر اساس کامل بودن توالی رونوشت ها با استفاده از نرم افزار BUSCO (نسخه 3) شناسایی شد. بعد از سرهم بندی خوانش ها 50973 توالی ژن (کانتیگ) با میانگین طول 725 باز و مقدار N50 برابر با 1136 باز به دست آمد. همچنین از این تعداد ژن, 53103 رونوشت شناسایی شد. از این تعداد, 35860 رونوشت دارای حداقل یک همولوگ در بانک اطلاعاتی Nr بودند. بیش از 7/66 درصد رونوشت ها حداقل دارای یک همولوگ در بانک اطلاعاتی GO (فرآیند های بیولوژیک, عملکرد های مولکولی و اجزاء سلولی) بودند. بیشتر ژن های شناسایی شده مرتبط با تنظیم رونویسی و فعالیت های غشایی بودند. در مطالعه حاضر نخستین پروفایل توالی رونوشت در گیاه زیره گزارش شد که می تواند در مطالعات بعدی به منظور شناسایی ژن های دخیل در مسیر بیوسنتزی ترکیبات ثانویه مختلف و دیگر مطالعات ژنتیکی در این گیاه مورد استفاده قرار گیرد.

استنادها

  • ثبت نشده است.
  • ارجاعات

  • ثبت نشده است.
  • استناددهی

    APA: کپی

    صادقی، داریوش، مرتضویان، سیدمحمدمهدی، و بختیاری زاده، محمدرضا. (1396). ارزیابی توالی رونوشت گیاه دارویی زیره سبز (Cuminum cyminum) با استفاده از RNA-Seq. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی، 9(4 )، 101-116. SID. https://sid.ir/paper/224513/fa

    Vancouver: کپی

    صادقی داریوش، مرتضویان سیدمحمدمهدی، بختیاری زاده محمدرضا. ارزیابی توالی رونوشت گیاه دارویی زیره سبز (Cuminum cyminum) با استفاده از RNA-Seq. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی[Internet]. 1396؛9(4 ):101-116. Available from: https://sid.ir/paper/224513/fa

    IEEE: کپی

    داریوش صادقی، سیدمحمدمهدی مرتضویان، و محمدرضا بختیاری زاده، “ارزیابی توالی رونوشت گیاه دارویی زیره سبز (Cuminum cyminum) با استفاده از RNA-Seq،” مجله بیوتکنولوژی کشاورزی، vol. 9، no. 4 ، pp. 101–116، 1396، [Online]. Available: https://sid.ir/paper/224513/fa

    مقالات مرتبط نشریه ای

    مقالات مرتبط همایشی

  • ثبت نشده است.
  • طرح های مرتبط

  • ثبت نشده است.
  • کارگاه های پیشنهادی






    بازگشت به بالا
    telegram sharing button
    whatsapp sharing button
    linkedin sharing button
    twitter sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    sharethis sharing button