مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

مقاله مقاله نشریه

مشخصات مقاله

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

video

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

sound

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

بازدید:

754
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

دانلود:

655
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

استناد:

اطلاعات مقاله نشریه

عنوان

شناسایی تنوع ژنوم در مرغ مرندی با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم

صفحات

 صفحه شروع 161 | صفحه پایان 176

چکیده

 هدف: ارزیابی و حفاظت از مرغان بومی به عنوان ذخایر ژنتیکی آینده ضروری است. در این تحقیق تنوع ژنومی چهار قطعه مرغ از نژاد مرندی با استفاده از تکنیک توالی یابی کل ژنوم بررسی شد. مواد و روش ها: نمونه خون چهار قطعه مرغ بومی از استان آذربایجان شرقی گرفته شد. ﺗ ﻮ اﻟ ﯽ ﯾ ﺎ ﺑ ﯽ ﮐ ﻞ ژﻧ ﻮ م ﺑ ﻪ ﺻ ﻮ رت-End paired یا دو ﺳ ﻮ ﯾ ﻪ ﺗ ﻮ ﺳ ﻂ ﺷ ﺮ ﮐ ﺖ اﯾ ﻠ ﻮ ﻣ ﯿ ﻨ ﺎ 2500 Hiseq اﻧ ﺠ ﺎ م ﺷ ﺪ . کیفیت داده ها توسط برنامهFastQC بررسی شد ند. داده ها به وسیله الگوریتم MEM به کار برده شده در برنامة BWA با ژنوم مرجع (Gallus_gallus-5. 0/galGal5) همردیف شد ند. چندریختی های تک نوکلئوتیدی (SNPs) و حذف و اضافه های کوچک ژنوم با برنامة GATK شناسایی شد ند. مستند سازی چند ریختی های تک نوکلئوتیدی و حذف و اضافه-های کوچک ژنوم با برنامة SnpEff انجام شد. تنوع ژنتیکی ژنوم چهار مرغ با برنامه VCFtools محاسبه شد. نتایج: درصد همردیفی توالی های کوتاه با ژنوم مرجع بالای 99 درصد بود و میانگین عمق پوشش X7 بود. در این پژوهش 8679990 چند ریختی تک نوکلئوتیدی و 911095 حذف و اضافه کوچک بدست آمد که بیشترین مقدار آن در نواحی اینترون و بین ژنی مشاهده شد. میانگین درصد هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار برای جایگاه های چند ریختی های تک نوکلئوتیدی شناسایی شده برای ژنوم چهار مرغ به ترتیب 33/0 و 35/0 بود. نتیجه گیری: نتایج مستند سازی نشان داد که درصد چندریختی های تک نوکلئوتیدی خاموش (64/74 درصد) بیشتر از درصد چندریختی-های تک نوکلئوتیدی غیر مترادف (بد معنی و بی معنی, 36/25 درصد) در ژنوم مرغ است. اطلاعات بدست آمده از این پژوهش, می-تواند برای برنامه های اصلاح نژادی و حفاظتی و نیز بررسی های ساختار جمعیتی سودمند واقع شوند.

استنادها

  • ثبت نشده است.
  • ارجاعات

  • ثبت نشده است.
  • استناددهی

    APA: کپی

    اکبری، رسول، اسمعیلی زاده کشکوئیه، علی، امیری قنات سامان، زینب، و آیت الهی مهرجردی، احمد. (1399). شناسایی تنوع ژنوم در مرغ مرندی با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی، 12(1 )، 161-176. SID. https://sid.ir/paper/224527/fa

    Vancouver: کپی

    اکبری رسول، اسمعیلی زاده کشکوئیه علی، امیری قنات سامان زینب، آیت الهی مهرجردی احمد. شناسایی تنوع ژنوم در مرغ مرندی با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم. مجله بیوتکنولوژی کشاورزی[Internet]. 1399؛12(1 ):161-176. Available from: https://sid.ir/paper/224527/fa

    IEEE: کپی

    رسول اکبری، علی اسمعیلی زاده کشکوئیه، زینب امیری قنات سامان، و احمد آیت الهی مهرجردی، “شناسایی تنوع ژنوم در مرغ مرندی با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم،” مجله بیوتکنولوژی کشاورزی، vol. 12، no. 1 ، pp. 161–176، 1399، [Online]. Available: https://sid.ir/paper/224527/fa

    مقالات مرتبط نشریه ای

    مقالات مرتبط همایشی

  • ثبت نشده است.
  • طرح های مرتبط

  • ثبت نشده است.
  • کارگاه های پیشنهادی






    بازگشت به بالا
    telegram sharing button
    whatsapp sharing button
    linkedin sharing button
    twitter sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    sharethis sharing button