مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

مقاله مقاله نشریه

مشخصات مقاله

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

video

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

sound

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

نسخه انگلیسی

مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

بازدید:

336
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

دانلود:

534
مرکز اطلاعات علمی Scientific Information Database (SID) - Trusted Source for Research and Academic Resources

استناد:

اطلاعات مقاله نشریه

عنوان

تاثیر تعداد و نوع نشانگرهای ریزماهواره بر برآورد پارامترهای جمعیتی در مطالعات تنوع ژنتیکی

صفحات

 صفحه شروع 39 | صفحه پایان 54

چکیده

 سابقه و هدف: ریزماهواره ها نواحی تکراری در دی. ان. آشامل آرایه های همگنی از موتیف های مونو, دی, تری, تترا, پنتا و هگزا نوکلئوتیدی با طول کمتر از یک کیلو جفت باز هستند که به صورت غیر تصادفی در سطح ژنوم پراکنده اند. تعداد و تراکم ریزماهواره ها در گونه های مختلف متفاوت است. حتی در گونه های بسیار نزدیک به هم مثل انسان و شامپانزه نیز تفاوت هایی وجود دارد. فراوانی موتیف های ریزماهواره ایی نیز در موجودات مختلف, متفاوت و دارای نرخ جهش متفاوتی می باشند. در ژنوم پستانداران, ریزماهواره های دی نوکلئوتیدی فراوانترین و پس از آنها ریزماهواره های مونو و تترا نوکلئوتیدی از وفور بالایی برخوردارند. تکرارهای تری نوکلئوتیدی معمولاً در گیاهان فراوان تر هستند. اما بررسی اثراین موتیف های ریزماهواره ای متفاوت روی برآورد پارامترهای تنوع ژنتیکی و یا ساختار ژنتیکی در جمعیت ها بحثی است که کمتر به آن توجه شده است. مواد و روش ها: این پژوهش با استفاده از فایل نشانگرهای ریزماهواره ای حاصل از 36 نمونه از گوسفندان اهلی و وحشی ایرانی از توالی کل ژنوم گوسفندان به روش توالی یابی نسل جدید, تعداد 163973 نشانگر ریزماهواره را شناسایی شد. پراکنش نمونه های اهلی مربوط به نواحی شمال غرب کشور و نمونه های وحشی مربوط به نواحی مرکزی و شمال غرب کشور می باشند. پس از طی مراحل مختلف جهت مرتب سازی و فیلتراسیون جایگاه ها در نرم افزارهای Samtools و VCFtools نشانگرها در چهار فایل جداگانه شامل نشانگرهای دی, تری و تترا نوکلئوتیدی و نیز فایلی حاوی ترکیبی از هرسه نشانگر دسته بندی شدند. سپس اسکریپتی در نرم افزار R جهت تهیه زیرمجموعه های مختلفی شامل10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250, 300, 400 و 500 نشانگر از هر یک از انواع موتیف ها تهیه نوشته شد و شش پارامتر معمول مورد استفاده در مطالعات تنوع ژنتیکی از جمله هتروزیگوسیته مشاهده شده, هتروزیگوسیته مورد انتظار, شاخص تنوع ئنی, شاخص شانون, غنای آللی و ضریب همخونی با استفاده از هر یک از انواع موتیف ها و تعداد مختلفی از ریزماهواره ها در نرم افزار MSA (نسخه 4. 05) محاسبه شد. برای هر پارامتر 10 تکرار در نظر گرفته شد. در نهایت میانگین و واریانس هر پارامتر در بین 10 تکرار محاسبه و نتایج به صورت نمودارهای باکس پلات در نرم افزار R (نسخه 3. 3. 3 ) گزارش شد. برای بررسی آماری اختلاف هایی که در مقدار برآورد پارامترهای مختلف با استفاده از تعداد و انواع مختلف موتیف های ریزماهواره ای مشاهده شد, از روش تحلیل واریانس برای آزمون فرض مقایسه میانگین زیرمجموعه های مختلف در نرم افزار R استفاده شد. یافته ها: برآورد شش پارامتر با استفاده از تعداد و موتیف های مختلف نشانگرهای ریزماهواره ایی نتایج متفاوتی را نشان دادند. به طوریکه در هر زیر مجموعه, پارامتر برآورده شده با استفاده از موتیف های نوع دی مقدار عددی بالاتری را به خود اختصاص داد. همینطور در اکثر پارامتر های مورد بررسی بیشترین مقدار برآورده شده برای آن پارامتر با استفاده از 40 نشانگر دی نوکلئوتیدی و کمترین آن با استفاده از 10 نشانگر تری و یا تترا نوکلئوتیدی به دست آمده است. برای بررسی وجود اختلاف معنی دار در نتایج به دست آمده از برآورد پارامترها با استفاده از تعداد و انواع مختلف موتیف های ریزماهواره ای از تکنیک آنالیز واریانس برای مقایسه میانگین ها استفاده شد. در مواردی که اجرای مدل نتایج معنی داری نشان داد به منظور بررسی دوبه دوی زیرمجموعه هایی که با یکدیگر اختلاف معنی دار نشان دادند از روش مقایسه میانگین توکی استفاده شد. نتیجه گیری: نتایج این پژوهش برتری استفاده از موتیف های نوع دی نوکلئوتیدی در مطالعات تنوع ژنتیکی بر جمعیت گوسفند را نشان داد. همینطور نتایج این پژوهش لزوم استفاده از حداقل 50 جایگاه ریزماهوره ای را برای داشتن برآوردهایی باثبات از پارامترهای جمعیتی در مطالعات تنوع ژنتیکی پیشنهاد میدهد.

استنادها

  • ثبت نشده است.

    • ارجاعات

  • ثبت نشده است.

    • استناددهی

    APA: کپی

    هاشمی، منا، رحیمی میانجی، قدرت، بنابازی، محمدحسین، اوروزکو ترونگل، پابلو، و بیسکارینی، فیلیپو. (1399). تاثیر تعداد و نوع نشانگرهای ریزماهواره بر برآورد پارامترهای جمعیتی در مطالعات تنوع ژنتیکی. پژوهش در نشخوار کنندگان، 8(4 )، 39-54. SID. https://sid.ir/paper/955682/fa

    Vancouver: کپی

    هاشمی منا، رحیمی میانجی قدرت، بنابازی محمدحسین، اوروزکو ترونگل پابلو، بیسکارینی فیلیپو. تاثیر تعداد و نوع نشانگرهای ریزماهواره بر برآورد پارامترهای جمعیتی در مطالعات تنوع ژنتیکی. پژوهش در نشخوار کنندگان[Internet]. 1399؛8(4 ):39-54. Available from: https://sid.ir/paper/955682/fa

    IEEE: کپی

    منا هاشمی، قدرت رحیمی میانجی، محمدحسین بنابازی، پابلو اوروزکو ترونگل، و فیلیپو بیسکارینی، “تاثیر تعداد و نوع نشانگرهای ریزماهواره بر برآورد پارامترهای جمعیتی در مطالعات تنوع ژنتیکی،” پژوهش در نشخوار کنندگان، vol. 8، no. 4 ، pp. 39–54، 1399، [Online]. Available: https://sid.ir/paper/955682/fa

    مقالات مرتبط نشریه ای

  • ثبت نشده است.

    • مقالات مرتبط همایشی

  • ثبت نشده است.

    • طرح های مرتبط

  • ثبت نشده است.

    • کارگاه های پیشنهادی






    بازگشت به بالا
    telegram sharing button
    whatsapp sharing button
    linkedin sharing button
    twitter sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    email sharing button
    sharethis sharing button