در جزء «4» اصل سوم قانون اساسی بر تقویت روح بررسی و تتبع و ابتکار در تمام زمینه های علمی، فنی، فرهنگی و اسلامی از طریق تأسیس مراکز تحقیق و تشویق محققان تأکید شده است. تأکید قانون اساسی بر تحقیق، حاکی از اهمیت این مؤلفه بسیار مهم در نظام حکمرانی کشور است. مراکز پژوهشی به عنوان یکی از ارکان اصلی نظام های نوآوری در دنیا، نقش ویژه ای در پُر کردن شکاف بین تحقیقات بنیادی و کاربردی دارند. به عبارت دیگر مراکز پژوهشی نه به عنوان رقیب دانشگاه ها، بلکه به عنوان مکمل آنها در فرایند اثربخشی پژوهشی عمل می کنند. بخش زیادی از مؤسسات و مراکز پژوهشی دولتی در کشور وابسته به دستگاه های اجرایی هستند و هریک از این دستگاه ها در کنار خود یک یا چند مؤسسه پژوهشی دایر کرده اند که وظیفه انجام تحقیقات در این بخش ها را برعهده دارند. (پژوهشگاه نفت، پژوهشگاه نیرو، سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایران، پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات اجتماعی، مرکز تحقیقات راه، مسکن و شهرسازی، مؤسسه تحقیقات جنگل ها و مراتع کشور و... نمونه ای از این مؤسسات هستند). اختصاص اعتبارات دولتی به این مؤسسات در قالب کمک (براساس تبصره «1» ماده (1) قانون احکام دائمی برنامه های توسعه کشور مصوب 1396/01/16) و هیئت امنای مستقل دو ویژگی و امتیاز برای این مؤسسات است. بر طبق محاسبات انجام شده، در قانون بودجه سال 1400 حدود 96 مؤسسه و مرکز تحقیقاتی ردیف بودجه ای مستقل داشته اند که مجموع اعتبارات (هزینه ای و تملک دارایی سرمایه ای) آنها بالغ بر 7 هزار و 600 میلیارد تومان است (پیوست 1). دامنه فعالیت این مؤسسات در حوزه های پتروشیمی و نفت، هنر و باستان شناسی، موضوعات مربوط به علوم انسانی و اجتماعی، پزشکی و سلامت، کشاورزی و منابع طبیعی، حکمرانی و قانونگذاری، اقتصاد و مالی و ... است. کارایی و اثربخشی پایین مؤسسات پژوهشی در حل مسائل کشور علی رغم دریافت اعتبارات دولتی، بی توجهی به مأموریت های مصوب، انجام فعالیت های تکراری و عدم ایفای نقش واسطه ای بین دانشگاه ها، مراکز صنعتی، تصمیم گیری و دستگاه های اجرایی از عمده ترین چالش های مؤسسات و مراکز پژوهشی کشور است و قانونگذار را به این قطعیت نزدیک کرد که مؤسسات پژوهشی وابسته به دستگاه های اجرایی که از اعتبارات دولتی استفاده می کنند، اثر مثبتی در بخش های مختلف کشور ندارند. بر پایه این فروض کلی، قانونگذار در ماده (4) قانون حمایت از شرکت ها و مؤسسات دانش بنیان و تجاری سازی نوآوری ها و اختراعات، حکم به واگذاری مؤسسات پژوهشی غیرحاکمیتی به بخش غیردولتی و تعاونی کرد. این حکم پس از گذشت 13 سال از زمان تصویب آن، اجرا نشده است. آسیب های مترتب بر مؤسسات پژوهشی ازجمله انجام پژوهش های تکراری و غیر اثربخش و کنشگری ضعیف در حل مسائل و چالش های کشور باعث شد تا مقنن در ماده (4) قانون حمایت از شرکت ها و مؤسسات دانش بنیان و تجاری سازی نوآوری ها و اختراعات، واگذاری مؤسسات پژوهشی غیرحاکمیتی به بخش غیردولتی و تعاونی را به تصویب برساند، اما بررسی کارشناسی اجرای این حکم نشان می دهد که این ماده به دلایل زیر پس از 13 سال اجرا نشده است: - انفعال و عملکرد ضعیف دستگاه های مجری قانون (وزارت امور اقتصادی و دارایی و شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری)؛ - عدم پیش بینی ضمانت اجرای قانون؛ - انگیزه پایین بخش خصوصی برای خرید این مؤسسات به دلیل عدم سوددهی آنها در کوتاه مدت؛ - ابهام در واژه غیرحاکمیتی و مغایرت با اصل هشتادوپنجم قانون اساسی؛ - استعمال مقنن از واژه شرکت (در تبصره «1») درخصوص ماهیت حقوقی مؤسسات پژوهشی. چالش های و موانع موجود باعث شده است که اجرای ماده (4) به شکل کنونی ناممکن باشد، بنابراین قانونگذار باید با رفع موانع فوق، زمینه اجرایی شدن این حکم را فراهم نماید.