مقدمه و هدف: ارزیابی بهره وری بیمارستان ها ابزاری مهم برای شناسایی ظرفیت های بهبود عملکرد است. پژوهش حاضر با هدف بررسی تغییرات بهره وری در بیمارستان های تحت پوشش دانشگاه علوم پزشکی زاهدان انجام شده است. روش کار: پژوهش حاضر از نوع مطالعات توصیفی تحلیلی است که در آن تغییرات بهره وری هفت بیمارستان تحت پوشش دانشگاه علوم پزشکی زاهدان برای دوره زمانی 12 ساله 1400-1389 بررسی شد. در محاسبه بهره وری از شاخص مالم کوئیست استفاده گردید. ورودی ها شامل تعداد تخت های فعال و تعداد پزشکان و خروجی ها شامل تعداد پذیرش بستری و تعداد اعمال جراحی بودند. داده ها با استفاده از نرم افزارهای DEAP. 2 و Excel 2020 تجزیه وتحلیل شدند. یافته ها: متوسط شاخص مالم کوئیست بیمارستان ها طی دوره موردبررسی 993/0 بود که نشان دهنده تقریباً 1 درصد افت بهره وری کلّ عوامل تولید در بیمارستان هاست. بیمارستان ها ازنظر تغییرات فنّاوری به طور متوسط دارای رشد تقریبی 2 درصد بودند؛ حال آنکه متوسط کارایی فنّی دارای رشد تقریبی صفر بود. در سال اوّل اجرای طرح تحوّل نظام سلامت، بیمارستان ها با تجربه رشد تقریبی 12 درصدی شاهد بهبود بهره وری بودند، درحالی که میانگین شاخص مالم کوئیست پس از اپیدمی کووید 19 کاهشی بود. نتیجه گیری: نتایج مطالعه حاضر نشان می دهد بیمارستان ها نتوانسته اند از منابع موجود به نحو مطلوب استفاده کنند. مدیران سلامت می توانند اقداماتی را برای بهبود بهره وری بیمارستان ها انجام دهند. این اقدامات شامل سرمایه گذاری در آموزش پرسنل، ایجاد تغییرات لازم در ساختار سازمانی بیمارستان ها، استفاده از سیستم های اطلاعات مدیریت کارآمد، سرمایه گذاری در تجهیزات و فنّاوری های جدید، و انجام ارزیابی های دوره ای از عملکرد بیمارستان ها هستند.