سابقه و هدف: میکروبیوتا شامل انواع انگل ها، ویروس ها، آرکیی باکترها و باکتری هاست. بین میکروبیوتای افراد و سیستم ایمنی آن ها ارتباط دوطرفه وجود دارد و یکدیگر را تنظیم می کنند. در مطالعه های زیادی پیوندمیکروبیوتای مدفوع Fecal Microbiota Transplantation (FMT) درانواع بیماری های گوارشی و غیر گوارشی استفاده شده و آثار مفیدی در بیماران مبتلا به کلستریدیوم دیفیسیل داشته است. هدف از نگارش این مقاله مروری، آشنایی با میکروبیوتای انسان و عوامل تاثیرگذار بر آن، بررسی رابطه بین میکروبیوتا و انواع بیماری های انسانی، آشنایی با روش درمانی FMT وکاربرد آن در برخی از بیماری های گوارشی و غیر گوارشی است. مواد و روش بررسی: برای نگارش این مقاله مروری با استفاده از واژگان کلیدی، Fecal Microbiota Transplantation، میکروبیوتا، سیستم ایمنی به جست وجو در پایگاه های اطلاعاتی Scopus، Google Scholar، Pub Med وScience Direct پرداختیم. در پایان 127 مقاله انگلیسی زبان که در آن ها کلمه های کلیدی موردنظر به کار رفته بود، انتخاب شدند. نتیجه گیری: پیوند میکروبیوتای مدفوع (FMT) یکی از روش های درمانی جدید در حیطه پزشکی است که سبب بهبود و تعدیل میکروبیوتای دستگاه گوارش می شود. به همین دلیل، پزشکان و محققان در تلاش هستند تا از این روش برای درمان انواع بیماری های گوارشی و غیر گوارشی استفاده کنند. میکروبیوتای دستگاه گوارش در متابولیسم، تعدیل سیستم ایمنی، سنتز انواع ویتامین ها و. . . حایز اهمیت هستند. در حال حاضر FDA، روش FMT را در مورد بیماران مبتلا به کلستریدیوم دیفیسیل که به درمان های استاندارد پاسخ نمی دهند، پیشنهاد کرده است. در حال حاضر کاربرد روشFMT در سایر بیماری ها از جمله IBD بسیار کم است اما با این وجود، هنوز یک روش درمانی موثر در برخی از این بیماران است. همچنین هنوز نگرانی هایی در ارتباط با استفاده بالینی از FMT وجود دارد که برطرف کردن آن ها مستلزم اجرای مطالعه های دقیق بیشتری در این زمینه است.