جنس Absidia از خانواده Absidiaceae و راسته Mucorales است که برخی گونه های این جنس به عنوان عوامل ایجادکننده بیماری موکورومیکوزیس در انسان و حیوانات مهم هستند. به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی جنس Absidia نمونه برداری از برخی خاک های استان مازندارن به عمل آمد. با کشت سوسپانسیون خاک در محیط اختصاصی رزبنگال بیست جدایه مربوط به این جنس جداسازی شد. بر اساس تشخیص مورفولوژیکی کلیه جدایه ها متعلق به گونه Absidia repens بودند. به منظور بررسیتنوع ژنتیکی و تجزیه تحلیل فیلوژنتیک جدایه ها از شش جدایه DNA استخراج شد و ناحیه ITS (شامل 5.8S) از rDNA تعیین توالی شد وبا نرم افزارهای Chromas Pro، MEGA5 همراه با نمایندگانی از گونه های دیگر که از بانک ژن به دست آمده بودند مورد ارزیابی قرار گرفتند. گونه Absidia repens در درخت فیلوژنتیکی حاصل، در کلاد جداگانه از سایر گونه ها قرار گرفت.

سابقه و هدف: شیر و فرآورده های آن در بعضی شرایط، موجب رشد عوامل بیماری زا از جمله اشریشیا کلی که مهمترین آلوده کننده مواد غذایی است می گردند. این مطالعه با هدف بهینه سازی روش شناسایی اشریشیا کلی در بستنی بر مبنی16S rDNA  انجام شد.مواد و روش ها: در این مطالعه مقطعی-توصیفی از 200 نمونه بستنی جمع آوری شده از مناطق محتلف اصفهان، تعداد 82 جدایه باکتریایی جداسازی گردید. از این تعداد 48 جدایه اندول مثبت بودند. جداسازی بر اساس استاندارد ملی ایران شماره 2946 و استفاده از محیط های کروموژنیک به صورت مقایسه ای انجام شد. پس از انجام آنالیز عددی و سایر آزمون ها، به کمک PCR قطعه 16S rDNA تکثیر و سپس توالی یابی گردید.یافته ها: با توجه به روش ارائه شده در استاندارد ملی روش یاد شده دارای 88 درصد صحت و 12 درصد خطا می باشد. در این بررسی جدایه های اندول مثبت مانند اشریشیا هرمانی، پروویدنشیا رتگری، کلبسیلا اکسی توکا و مورگانلا مورگانی توانستند در نتیجه نهایی ارائه شده در استاندارد ملی ایران خطا ایجاد نمایند.نتیجه گیری: آنالیزهای انجام شده با استفاده از محیط های کشت حاوی مواد کروموژنیک نشان داد که با صحت بالاتر، سرعت بیشتر و قیمت ارزان تر می توان اشریشیا کلی تیپیک را شناسایی نمود.

طی بررسی تنوع نماتدهای انگل گیاهی در استان میسان )جنوب شرقی عراق(، یک جمعیت از گونه Psilenchus hilarulus از ریزوسفر گیاه بامیه جداسازی گردید. ویژگیهای ریختشناختی و ریختسنجی برای جمعیت یافت شده تهیه گردید و با برخی از جمعیتهای گزارش شده این گونه از نقاط مختلف مورد مقایسه قرار گرفت. روابط فیلوژنی جمعیت عراقی گونه hilarulus. P با نمایندگانی از گونه های tylenchid با استفاده از توالیهای زیرواحد کوچک RNA ریبوزومی (SSU(، ناحیه 3D2-D از زیرواحد بزرگRNA ریبوزومی (LSU (و توالیهای ناحیه بین ژنی ) ITS rDNA)، با استفاده از روش بیس )inference Bayesian )بازسازی گردید. در درختان فیلوژنی بازسازی شده با استفاده از ژنهای SSU و LSU، توالیهای جنس Psilenchus به تنهایی در یک کالد و جدا از توالی های خانوادههای Tylenchidae و Merliniidae قرار گرفتند. در درخت SSU، جمعیت عراقی گونه hilarulus. P متعلق به کالدی بود که شامل توالی های تخصیص داده شده به گونه های hilarulus. P، curcumerus. P و. Psilenchussp میباشد. در درخت LSU، توالیهای جدید به دست آمده همراه با توالی های تخصیص داده شده به گونههای hilarulus. P، curcumerus. P و vinciguerrae. P کالد بزرگی را تشکیل دادند. توالی ناحیه بین ژنی )rDNA ITS )جمعیت عراقی گونه hilarulus. P بهعنوان اولین توالی ناحیه ITS برای این جنس است که درخت فیلوژنی مربوط به آن، بازسازی و مورد بحث قرار گرفت. بر اساس اطالعات ما، این اولین گزارش از گونه hilarulus. P از کشور عراق است.

به منظور بررسی تنوع ژنتیکی نماتد زخم ریشه چای، Pratylenchus loosi Loof, 1960 در باغ های آلوده چای استان گیلان، تعداد 15 نمونه خاک و ریشه از مناطق مختلف استان گیلان جمع آوری گردید. نمونه های جمع آوری شده درون کیسه های پلاستیکی به آزمایشگاه نماتد شناسی منتقل و تا زمان استخراج در شرایط رطوبتی مناسب و دمای 10-5 درجه سانتیگراد نگه داری گردید. پس از استخراج نماتد از نمونه ها و شناسایی گونه، DNA نماتد هر جمعیت استخراج و نواحی ژنومی ITS-rDNA و D2/D3 LSU- rDNA با بهره گیری از آغازگرهای اختصاصی نواحی ژنومی مذکور توسط واکنش زنجیره ای آنزیم پلی مراز تکثیر شد. نواحی ژنومی تکثیر شده جمعیت های مورد مطالعه توسط واکنش زنجیره ای پلی مراز با تیمار آنزیم های اندونوکلئاز Alu I, Hin6I, Mbo I, Hind II, Hind III, PstI, DraI و Hae IIIهضم آنزیمی گردید. نتایج بدست آمده از تکثیر نواحی ژنومی ITS- rDNA و D2/D3 LSU- rDNA توسط واکنش زنجیره ای پلی مراز، قطعه ژنومی واحدی به ترتیب به اندازه 1250 و 787 جفت باز (bp) در مورد هر کدام از جمعیت های مورد مطالعه بدست داد. با هضم آنزیمی هر کدام از نواحی مذکور جمعیت های مورد مطالعه توسط آنزیم های اندونوکلئاز فوق الذکر چند شکلی در قطعات ژنومی ایجاد شده مشاهده نگردید. توالی ناحیه ژنومی D2/D3 LSU- rDNA برای آنزیم های برشی DraI, PstI و HindIII همچنین ناحیه ژنومی ITS-rDNA برای آنزیم HaeIII فاقد جایگاه برشی تشخیص داده شد.

زمینه و هدف: کلبسیلا پنومونیه از اعضای خانواده ی انتروباکتریاسه یکی از مهم ترین عامل های عفونت های بیمارستانی می باشد که بعد از Escherichia coli دومین عامل باکتریمی بیمارستانی ناشی از باکتری های گرم منفی است. در این تحقیق هدف شناسایی این باکتری از طریق ژن اختصاصی 16SrDNA با به کارگیری تکنیک PCR-ELISA می باشد.مواد و روش ها: در این روش با استفاده از dNTP نشان دار شده با دیگوکسی ژنین برای تکثیر ژن اختصاصی استفاده شد. کف پلیت الایزا استرپتوآویدین بارگذاری کرده سپس با استفاده از پروب اختصاصی که قسمت ابتدای آن بیوتینه شده بود جهت اتصال به ژن تکثیر شده استفاده گردید. بیوتین متصل به پروب به استرپتوآویدین متصل شده، همچنین ژن تکثیر یافته نیز به پروب اختصاصی متصل شده در نهایت از آنتی بادی ضد دیگوکسی ژنین برای شناسایی محصول استفاده شد و واکنش با دستگاه نور سنج اندازه گیری شد.نتایج: با استفاده از پرایمرهای اختصاصی ژن 16SrDNA کلبسیلا پنومونیه تکثیر شد که نتیجه آن یک قطعه به طول bp 260 بود. نتایج حاصل از PCR-ELISA نشان داد که این تکنیک هیچ واکنش متقاطعی با با کتری های هم خانواده خود ندارد، همچنین میزان حساسیت آن 0.6 نانوگرم ارزیابی شد.نتیجه گیری: تکنیک PCR-ELISA روشی حساس و دقیق بوده که برای شناسایی عوامل بیماری زا با استفاده از ژن اختصاصی آن باکتری به کار می رود. این تکنیک می تواند جایگزین مناسبی برای تکنیک های زمان بر، با حساسیت کمتر و هزینه بیشتر، همچون روش های کشت باکتری در محیط های بلاد آگار و مک کانکی آگار،Realtime PCR ، تست های بیوشیمیایی افتراقی که امروزه در آزمایشگاه ها مورد استفاده قرار می گیرد، باشد.

ببیماری کپک خاکستری ناشی از Botrytis cinerea یکی از بیماری های مهم توت فرنگی است که باعث پوسیدگی میوه پیش و پس از برداشت محصول می شود. کنترل زیستی با استفاده از عوامل بیوکنترل یک روش ایمن و سالم برای کاهش خسارت این بیماری است. در این پژوهش با استفاده از روش های مبتنی بر کشت، در مجموع 268 جدایه باکتریایی و 136 جدایه قارچی از فیلوسفر گیاهان توت فرنگی گلخانه ای و فضای باز شهرستان جیرفت جداسازی و خالص سازی شد. اثر آنتاگونیستی جدایه ها در برابر بیمارگر B. cinerea به روش­های کشت متقابل و بررسی هاله بازدارنده و اثر ترکیبات فرار در شرایط آزمایشگاه و همچنین خواص ضدقارچی باکتری های آنتاگونیست روی میوه توت فرنگی مورد بررسی قرار گرفت. شناسایی جدایه های باکتری و قارچی منتخب براساس واکنش زنجیره­ای پلیمراز به ترتیب با تعیین توالی نوکلئوتیدی بخشی از ژن 16S–rDNA و ناحیه ITS–rDNA انجام گرفت. نتایج نشان داد که از بین جدایه­های مورد بررسی جدایه های باکتریایی UJB1، UJB3، UJB4، UJB10، UJB5، UJB6، UJB7، UJB11، UJB2، UJB8 و UJB9 و جدایه قارچی UJF1300، UJF1301، UJF1302، UJF1303،UJF1304 ،UJF1305  اثر بازدارندگی موثری علیه  B. cinereaداشتند و ترکیبات فرار آنها رشد پرگنه بیمارگر را کاهش داد. در ارزیابی اثر ضدقارچی جدایه­های باکتری روی میوه توت فرنگی، جدایه های باکتریایی UJB8، UJB2، UJB11، UJB6، UJB5، UJB10، UJB4، UJB1 میزان شاخص بیماری ناشی از قارچ B. cinerea را به طور معنی داری نسبت به شاهد کاهش دادند. نتایج آنالیز داده­های حاصل ازتعیین توالی نوکلئوتیدی نشان داد که جدایه­های باکتریایی متعلق به جنس های Delftia (جدایه های UJB1، UJB3، UJB4، UJB10)، Bacillus (جدایه های UJB5، UJB6، UJB7، UJB11 و UJB2) و Stenotrophomonas (جدایه های UJB8 و UJB9) و جدایه های قارچی متعلق به گونه های Albifimbria verrucaria، Aspergillus terreus، Leptosphaerulina australis، Pilidium lythri، Pseudozyma flocculosa و Seimatosporium pistaciae می­باشند.