از زمانی که پاکستان در 14 اوت 1947 استقلال خود را به دست آورد، همواره گرفتار برخوردهای پیاپی فرقه ای و گسترش چشم گیر افراطی گری بوده است. نگرانی عمده این است که اصولا اسلام پاکستانی و گروه های اسلامی این کشور بنیادگرا و افراطی اند، منتها این شرایط به صورت طبیعی محیط داخلی همسایگان پاکستان، از جمله ایران را تحت تاثیر خود قرار می دهد. بر این اساس، پرسش های اصلی این پژوهش عبارت است از: روند واگرایی ایران و پاکستان از چه زمانی آغاز شده است؟ مهم ترین عامل تنش و واگرایی در روابط ایران و پاکستان حول چه مسائلی است؟ نویسنده معتقد است، روند منازعات ایران و پاکستان تحت تاثیر دو پیشامد همزمان اتفاق افتاد، اولی به حکومت رسیدن ژنرال ضیاءالحق (1978م) و آغاز برنامه اسلامی سازی وی (1984م)، دومی وقوع انقلاب اسلامی ایران (1979م). در ادامه فرضیه اول، فرضیه دوم نیز، مهم ترین منابع واگرایی در روابط دو کشور را حول مسائل ایدئولوژیک به نمایندگی مذهب می داند، بنابراین، از فردای پیروزی انقلاب ایران و خروج شیعیان از انزوا، کشورها و سازمان های ضدشیعی به ترس از صدور انقلاب ایران در فضای دولت ایدئولوژیک ضیاءالحق شروع به فعالیت های گسترده ضدشیعی و ضدایرانی کردند، ازاین رو، وهابیت عربی و دیوبندی شبه قاره ای که هر دو ادامه تفکرات تکفیری ابن تیمیه اند، در قالب گروه های ضدشیعی نظیر طالبان، سپاه صحابه و لشکر جهنگوی منجر به ارعاب گری و خشونت گسترده ای علیه ایران و شیعه شدند، به صورتی که ادامه این خشونت ها از طرف گروهک های وابسته مثل جنداله و جیش العدل پیگیری شد و مناطق جنوب شرق و مرزهای قومی را در سایه سایر گسست ها به شدت متاثر کردند. روش تحقیق در این پژوهش، توصیفی- تحلیلی و بر مبنای روش کیفی و گردآوری داده های منابع کتاب خانه ای و اینترنتی است.