یونجه (Medicago sativa L.) از تیره بقولات سطح وسیعی از مزارع و مراتع کشور را به خود اختصاص داده است. مطالعات سیتوژنتیک به منظور اصلاح گیاهان از اهمیت ویژهای برخوردار است. در این پژوهش با استفاده از مریستم ریشه از سه رقم یونجه (مائوپا، همدانی و CUF101) بعد از مراحل تثبیت، هیدرولیز و رنگآمیزی، برای هر رقم 10 تا 100 نمونه لام تهیه و مورفولوژی کروموزومها مورد مطالعه قرار گرفت. بررسیهای سیتوژنتیکی نشان داد که هر سه رقم با 32= x4=n2 کروموزوم هستند. فرمول کاریوتیپی در ارقام همدانی و AC,CUF1014+ SM6+M 6 در رقم مائوپا AC4+SM8+ M4 است. با توجه به ایدئوگرامهای ارقام یونجه کروموزومها بر اساس شباهتهای ریختی میتوانند با هم جفت شوند. کروموزومهای 1 با 3، 2 با 5، 6 با 7، 10 با 11، 12 با 13، 15 با 16 جفت میشوند و تشکیل چهار کوالانت میدهند. طول بلندترین و کوتاهترین کروموزومها در ارقام همدانی و CUF101 به ترتیب 1.8 و 1 میکرون ولی در رقم مائوپا این مقادیر 1.1 تا 1.9 میکرون تخمین زده شده. رقم مائوپا به دلیل بیشتر بودن درصد TF نسبت به دو رقم دیگر از کاریوتیپ متقارن برخوردار میباشد.