تنوع ژنتیکی تعداد 26 ایزوله استرپتو کوکوس اینیایی و تعداد 44 ایزوله لاکتوکوکوس گارویه بدست آمده از تلفات مزارع قزل آلای رنگین کمان در برخی استانهای کشور به روش RAPD مورد مطالعه قرار گرفته است. پس از کشت از بافت کلیه ماهیان مرضی و جداسازی کوکسی های گرم مثبت روی ژلوز خون، با استفاده از روش PCR (تولید باند 513bp برای استرپتوکوکوس اینیایی و تولید باند 1100bp برای لاکتوکوکوس گارویه) تائید تشخیص شدند. در مطالعات RAPD و بااستفاده از نه پرایمر انتخابی(P1-P6 ,P14 ,1290 ,OPS11) نتایج حاصله نشان داد که ایزوله های استرپتو کوکوس اینیایی در 5 تیپ (پروفایل) قابل تقسیم بندی هستند. نتایج ترسیم درخت فیلوژنی محصول RAPD با استفاده از UPGMA موجب تفکیک این ایزوله ها در 2 کلاستر و در یک گروه ژنتیکی شد. درمورد لاکتوکوکوس گارویه نتایج مطالعات RAPD و بااستفاده از شش پرایمر انتخابی (P1-P6) نشان داد که تنها پرایمر P4 قادر به تولید حداکثر (5باند) نمود. با استفاده از این پرایمر چهار الگوی باندی شامل 1330-560 bp با تعداد 5 باند،1260-560 bp با تعداد 5 باند،1260-560bp با تعداد 4 باند و 1200-560bp با تعداد 5 باند نمود.نتایج ترسیم درخت فیلوژنی محصول RAPD ایزوله های لاکتوکوکوس گارویه با استفاده از UPGMA موجب تفکیک این ایزوله ها در 3 کلاستر و در چهار گروه ژنتیکی شد. نتایج این مطالعه نشان می دهد که ایزوله های استرپتو کوکوس اینیایی از عوامل اصلی استرپتوکوکوزیس در مزارع قزل آلای منطقه شمالی کشور با منطقه جنوبی و غربی کشور از مشابهت بالایی برخوردارند. همچنین نتایج این مطالعه نشان می دهد که گرچه مشابهت هایی بین ایزوله های لاکتوکوکوس گارویه منطقه شمالی کشور با منطقه جنوبی وجود دارد ولی ایزوله های این دو منطقه با همدیگر دارای تفاوتهای ژنتیکی نیز هستند که بیانگر وجود تنوع ژنتیکی ایزوله های لاکتوکوکوسی گارویه عامل تلفات در مزارع قزل آلا در ایران می باشد.