از جمله مشکلات کشت انبوه گیاهان دارویی به خصوص در رقم های اصلاح شده و پرمحصول، «آفات» و بیماری های مختلفی می باشد که در ایران فعالیت تحقیقاتی چندانی بر روی آن صورت نگرفته است. با توجه به این که بروز آفات و بیماری های گیاهی تابع شرایط محیطی می باشد ضروری است در هر منطقه در این مورد تحقیقات جداگانه ای صورت گیرد. در این طرح 14 گونه گیاه دارویی به نام های سنبل ختایی، شابیزیک، بادرنجبویه، سداب، مریم گلی، Solanum Laciniadum، رازیانه، گلخانه و مزرعه دانشکده کشاورزی کرج، آفات و بیماری های مهم آن ها شناسایی و مورد بررسی قرار گرفت. نتایج به دست آمده حاکی از آن است که بیش ترین خسارت وارده بر روی گیاهان دارویی در مزرعه از سوی آفات است. در این ارتباط «لارو» بعضی از حشرات به آزمایشگاه انتقال یافته و به منظور به دست آمدن حشره کامل پرورش داده شد و پس از ظهور حشره کامل اقدام به شناسایی گردید. در مورد بیماری ها نیز نمونه های متعددی از مراحل مختلف رشد گیاهان دارویی تهیه و در محیط های مختلف مانند «CMA, SNA, PDA» کشت گردید و به منظور جداسازی قارچ ها نیز از روش «تله گذاری» استفاده گردید.