مسئله شر نقضی بر منظومه علم مطلق، قدرت مطلق و خیرخواهی مطلق خداوند تلقی شده است. در این مسئله، چند نوع دفاع از وجود خداوند وجود دارد که مهم ترین آنها عبارت اند از دفاع مبتنی بر موهوم یا عدمی انگاشتن شر، دفاع مبتنی بر حاصل جمع برتر خیرها، و دفاع مبتنی بر توجه به سایر صفات خداوند یا توجه به اختیار انسان. علامه طباطبائی پاسخی در باب شرور داده است که راهی چندجانبه را طی می کند. وی بر اساس فلسفه هبوط زمینی آدم و به دنبال آن هم آغوشی آدمی با اعتباریات، از سویی، و ازخودبیگانگی آدمی، از سوی دیگر، تبیینی برای سختی ها و شرور داده است. هبوط زمینی انسان، که ناشی از توجه به بدن زمینی به همراه غفلت از توجه به حضور خداوند است، معرفتی جدید و به دنبال خود عالَمی جدید برای انسان رقم می زند که همراه رنج ها و سختی هاست. در این عالَم جدید، اعتبار از حقیقت و تشریع از تکوین جدا می گردد و همین بستری می شود تا شرور تکوینی نیز از شرور اعتباری و تشریعی منحاز شوند، به گونه ای که گاهی یک شر تکوینی امری خیر اعتبار و تلقی شود. آدمی دردها و رنج های تکوینی را می تواند وسیله ای جهت امتحان و توجه به حضور خداوند قرار دهد، و در این صورت دردها و رنج ها نه تنها تسکین و معنا می یابند، بلکه ناپدید می شوند. شرور حقیقی یا اعتباری هم می توانند بر اساس معنایی که پیدا می کنند در همین وضعیت دنیایی خود خیر تلقی شوند.