تخمین بار آلودگی مواد مغذی تخلیه شده از حوضه آبریز به مخزن یک سد یکی از مسائل مهم در مدیریت تغذیه گرایی مخزن می باشد. در این راستا تدوین مدل شبیه سازی حوضه آبریز با در نظر گرفتن خصوصیات حوضه نظیر شیب، جنس خاک، کاربری اراضی و توجه به متغیرهای هواشناسی ابزار موثری در تخمین بار آلودگی ورودی به مخزن سد در زمان های مختلف محسوب می شود. بدین منظور با توجه به مطالعات صورت گرفته در زمینه منابع آلاینده موجود در سه زیرحوضه اصلی حوضه آبریز سد ایلام، سه نوع از منابع آلاینده که بیشترین نقش را در آلودگی حوضه و مخزن سد ازنظر مواد مغذی ایفا می کنند توسط مدل "ابزار ارزیابی آب و خاک" (SWAT) شبیه سازی گردید و بار مواد مغذی در نقطه ورودی به مخزن برآورد شد. این منابع آلاینده شامل آلودگی ناشی از مصرف کود شیمیایی مورد استفاده کشاورزان، آلودگی مربوط به فعالیت های دامداری و مرغداری و آلودگی ناشی از دام های سنتی در حوضه می باشد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان می دهد که مدل SWAT در شبیه سازی مواد مغذی در این حوضه آبریز عملکرد رضایت بخشی داشته است. مقایسه بار آلودگی سه زیرحوضه نشان می دهد که زیرحوضه گل گل بیشترین مقدار بار نیتروژن (136.2 تن در سال) و فسفر (19.8 تن در سال) را دارد. همچنین بیشترین سهم را در بین منابع آلاینده برای تولید نیتروژن، کود حیوانی و برای تولید فسفر، کود شیمیایی دارا می باشد.