علم منزه از ماهیت و از سنخ وجود است. علم ابزارهایی دارد که عبارتند از: قوه حس، قوه خیال، قوه وهم، عقل و قلب. این ابزارها در امام به کمال خود می رسند و به این دلیل، امام به کامل ترین نحو به مصادر علم دست می یابد. این مصادر عبارتند از: عقل اول، لوح محفوظ، عرش، کرسی، وحی، علوم انبیا قبل و صحیفه هایی که به هر یک اختصاص دارند. امام از طریق این مصادر به حقایق تمامی علوم دست می یابد. برای نمونه، امام شاهد اعمال بندگان است و به کتبی که جزییات حوادث خلقت را ضبط می کند، آگاه است و به تاویل قرآن، حقایق اسما و حقیقت فرشتگان علم دارد. امام در نهایت، از سدرة المنتهی عبور می کند و به مقام «فناء فی الذات» می رسد.