در این مطالعه، سیانوباکتری های موجود در خاک مزارع گندم در پنج ایستگاه در مجاورت مناطق صنعتی استان یزد پس از طی مراحل کشت و خالص سازی مورد شناسایی قرار گرفتند. شناسایی نمونه ها براساس ویژگی های مورفولوژیک و نیز به روش مولکولی صورت گرفت. همچنین تجزیه خوشه ای و تجزیه مولفه های اصلی با استفاده از نرم افزار SPSS صورت گرفت و قرابت میان آرایه ها براساس صفات ریختی بررسی گردید. همچنین آنالیزهای فیلوژنتیک با استفاده از مارکر مولکولی 16S rRNA انجام و روابط فیلوژنتیک آرایه ها براساس روش های Maximum Parsimony، Maximum Likelihood و Bayesian ارزیابی گردید. حاصل این مطالعه، شناسایی 32 گونه از سیانوباکتری ها بود که در چهار راسته مختلف قرار گرفت. راسته Oscillatoriales با سه تیره، هشت جنس و 13 گونه و راسته Chroococcales با دو تیره، سه جنس و چهار گونه به ترتیب از بیشترین و کمترین سطح تنوع برخوردار بودند. همچنین نتایج حاصل از این تحقیق، نشانگر کارآیی نسبی مارکر فیلوژنتیک (سکانس ژنی 16S rRNA) به کارگرفته شده و نیز کارایی مطالعات تاکسونومی عددی (آنالیز تجزیه خوشه ای) در جداسازی آرایه های مورد مطالعه بود. ارزیابی چگونگی پراکنش گونه های شناسایی شده در ایستگاه های مطالعاتی و ارایه شرح آرایه های جدید برای فلور جلبکی ایران از دیگر یافته های این مطالعه است. از میان آرایه های شناسایی شده، هفت گونه به اسامیO. ornata, Oscillatoria engelmanniana, Jaaginema pallidum, Pseudanabaena minima, Nostoc edaphicum, Gloeothece tepidariorum و Stenomitos frigidus برای نخستین بار از ایران گزارش می شوند.