روشهای مولکولی جهت ارزیابی معیارهای تاکسونومیکی ورتیسیلیومهای مرتبط با گیاهان مورد استفاده قرار گرفتند. سی و یک استرین ورتیسیلیوم به وسیله مقایسه ITS-RELPs به چهار کلاستر تقسیم شدند. کلاستر اول در برگیرنده استریلهای گونه تیپ V. luteo-album (Link: Fries) Subramanian کلاستر دوم شامل V. dahliae klebahn, V. albo-atrum Reinke & Berthold، V. nubihni pethybridge، V. tricorpus Isaac؛ کلاستر سوم شامل V. theobromae (Turconi) E. Mason & S. Hughes و کلاستر چهارم شامل V. nigrescens pethybridge بود. الگوهای RFLP به دست آمده از ژن بتا توبولین( β-tubulin gene) قدرت تفکیک بالاتری داشته و هر هفت گونه مورد آزمایش را از یکدیگر تشخیص دادند. بالاترین قدرت تفکیک از الگوهای RFLP حاصل از DNA میتـوکندریایی (mitochondrial DNA-RFLPs) به دست آمد، به طوری که این روش استرین های گونه های V. theobromae و V. nigrescens را در سطح فراگونه ای از یکدیگر تفکیک نمود. برش ژن بتاتوبولین توسط آنزیم برش دهنده Hae III و مقایسه الگوهای به دست آمده روشی قابل اعتماد برای تفکیک دو گونه مهم اقتصادی و بحث برانگیز V. albo-atrum و V. dahliae می باشد.