در این تحقیق، تنوع ژنتیکی پانزده رقم انگور شامل شش رقم بومی استان خراسان رضوی، هشت رقم وارداتی ترکمن متعلق به گونه Vitis vinifera و یک رقم متعلق به گونه Vitis muscadiana با استفاده از نشانگرهای RAPD و ISSR مورد بررسی قرار گرفت. هفت آغازگر رپید و هفت آغازگر ISSR به ترتیب تولید 59 و 58 نوار با وضوح بالا و تکرارپذیر کردند که همگی چندشکلی را در بین ارقام نشان دادند. گروه بندی ژنوتیپ ها به روش تجزیه خوشه ای و با استفاده از الگوریتم UPGMA انجام و پانزده رقم در دو گروه بزرگ از یک دیگر جدا شدند. ارقام ترکمن در گروه اول و ارقام بومی خراسان رضوی به همراه رقم متعلق به گونه Vitis muscadiana در گروه دوم قرار گرفتند. با توجه به جدول ضریب تشابه جاکارد، بیشترین تشابه بین ارقام ترکمن 6 و ترکمن 8 و کمترین تشابه بین ارقام ترکمن 3 و صاحبی نیشابور مشاهده شد.