لاین های CMS مورد استفاده در سیستم سه لاین تولید بذر هیبرید برنج در زمان تکثیر غالبا با لاین های نگهدارنده آنها اختلاط می یابند. با استفاده از نشانگرهای مولکولی می توان اقدام به خالص سازی لاین های نر عقیم برنج کرد. در این راستا می توان به استفاده از نشانگرهای (Narayanan, et al., 1996) RFLP و (Ichii et al., 2003) RAPD اشاره کرد که با توجه به هزینه بر بودن RFLP و نیز تکرارپذیری کم RAPD استفاده از این نشانگرها در سطح گسترده برای خالص سازی لاین های CMS برنج عملی نیست.