رودخانه کارون بزرگترین و طولانیترین رودخانه ایران است که در سالهای اخیر بارگذاری منابع آلاینده موجب افزایش شوری آب رودخانه شده است. هدف از این تحقیق، بررسی راهکارهای مدیریتی برای کاهش شوری رودخانه بصورت سناریوهای حذف و کاهش بارگذاری منابع آلاینده نقطهای در محدوده ملاثانی تا فارسیات (مهمترین بازه تراکم جمعیتی، صنعتی و کشاورزی) با مدل MIKE11است. نتایج سناریوی حذف منابع آلاینده نشان داد، حذف منابع کشاورزی در فصل خشک و حذف منابع صنعتی و شهری در فصل تر به ترتیب در بالادست و پاییندست شهر اهواز تاثیر زیادی در کاهش شوری رودخانه دارد. نتایج سناریوی کاهش نشان داد، کاهش از مرز بالادست در انتهای محدوده مطالعاتی در فصل تر و خشک به ترتیب با متوسط کاهش 35/10و 26/10درصد شوری رودخانه موثر است. نتایج شبیه سازی گزینه های ترکیبی نشان داد که، سناریوی کاهش %52شوری از مرز بالادست همراه کاهش %30از منابع نقطهای در دو فصل تر و خشک به ترتیب با متوسط 60و 46درصد کاهش شوری عملکرد بهتری نسبت به سایر گزینه ها در کاهش شوری رودخانه دارد. مقایسه نتایج سناریوهای برتر با حدود مجاز استاندارد شوری آب نشان داد که در هر دو فصل تر و خشک، شرایط حد مجاز آب شرب و کشاورزی قابل تامین است.