دنیای میکروب ها
سال:1396 | دوره:10 | شماره:1 (پیاپی 30) |تعداد مقالات:8

سابقه و هدف: ورود جیوه معدنی از طریق صنایع و کشاورزی به محیط زیست یکی از جدی ترین مشکلات زیست محیطی در کشور به شمار می آید. زیست پالایی توسط باکتری ها یکی از راهکارهای مناسب و عملی برای پاکسازی آلاینده ها از محیط محسوب می گردد. مطالعه حاضر با هدف ساخت وکتور نوترکیب حاوی ژن merA و نیز بررسی بیان آن به منظور پاکسازی جیوه انجام گردید.مواد و روش ها: ابتدا ژن merA از ژنوم باکتری مقاوم به جیوه جداسازی و در داخل وکتور بیانی pET21a (+) کلون گردید. صحت همسانه سازی ژن مورد نظر از طریق واکنش PCR و هضم آنزیمی مورد تایید قرار گرفت. وکتور نوترکیب pET21a (+) -merA به درون باکتری اشریشیا کلی سویه BL21 کلون شد. برای مشاهده افزایش مقاومت به جیوه معدنی در باکتری تراریخته و عملکردی بودن آنزیم تولیدی از وکتور نوترکیب، میزان رشد باکتری های اشریشیا کلی سویه BL21 حاوی وکتور نوترکیب به همراه باکتری های اشریشیا کلی سویه BL21 فاقد ژن merA در محیط حاوی جیوه معدنی در مدت 48 ساعت اندازه گیری شدند.یافته ها: نتایج نشان داد که رشد باکتری اشریشیا کلی حاوی وکتور بدون ژن هدف تا 12 ساعت پس از ریختن جیوه به شدت تحت تاثیر محیط حاوی جیوه قرار گرفته و قادر به رشد در مقادیر 10 و ppm 20 جیوه نمی باشند. در حالی که باکتری حاوی وکتور نوترکیب pET21a (+) -merA دارای قابلیت رشد خوبی در محیط حاوی جیوه بودند. SDS-PAGE پروتئین های باکتری حاوی وکتور نوترکیب بر روی ژل آکریل آمید نشان داد که بیشترین بیان پروتئین MerA (با اندازه 62kDa)، پس از 16 ساعت القا با IPTG یک میلی مولار در دمای 37 درجه سلیسیوس به دست می آید.نتیجه گیری: در مجموع توانایی رشد باکتری های اشریشیا کلی حاوی وکتور نوترکیب، نشان دهنده عملکرد پروتئین MerA در باکتری های تراریزش شده می باشد. همچنین افزایش مقاومت باکتری نوترکیب به جیوه معدنی موجود در محیط بیانگر این موضوع است که می توان آلاینده های فلزات سنگین در محیط زیست را با مدیریت مناسب از طریق ساخت وکتور نوترکیب پاکسازی نمود.

سابقه و هدف: کلبسیلا نمونیه یکی از عوامل بیماری زای مهم بالینی و ایجاد کننده تعدادی از عفونت های بیمارستانی به ویژه پنومونی، سپتی سمی و عفونت دستگاه ادراری است. مطالعه ویژگی های فنوتیپی و ژنوتیپی مرتبط با فاکتورهای بیماری زای موثر در ایجاد بیماری در کلبسیلا نمونیه جدا شده از موارد بالینی حائز اهمیت است. این مطالعه با هدف شناسایی مولکولی سروتیپ ها و ژن های بیماری زای کپسولی موجود در مجموعه ژنی cps کلبسیلا نمونیه انجام شد.مواد و روش ها: این پژوهش به صورت مقطعی- توصیفی بر روی 50 جدایه بالینی کلبسیلا نمونیه جمع آوری شده از بیماران بستری در بیمارستان های پیامبران و بقیه اله (عج) تهران انجام شد. از روش PCR چندگانه برای شناسایی تیپ های کپسولی K1، K2، K5، K54 و K57 و ردیابی ژن های بیماری زای rmpA و wcaG از مجموعه ژنی cps (کپسول پلی ساکاریدی) استفاده گردید.یافته ها: در این مطالعهK54 (68 درصد) بیشترین فراوانی سروتیپ کپسولی و K1 (8 درصد) کمترین فراوانی را دارا بود. همچنین بیشترین فراوانی ژن بیماری زایی rmpA در سروتیپ کپسولیK5 (60 درصد) و بیشترین فراوانی ژن wcaG در سروتیپK54 (17.64 درصد) مشاهده گردید.نتیجه گیری: روش PCR چندگانه می تواند به عنوان یک روش سریع در شناسایی و تیپ بندی جدایه های باکتریایی ایجاد کننده عفونت های بیمارستانی مورد استفاده قرار گیرد.

سابقه و هدف: سودوموناس آئروژینوسا یک پاتوژن فرصت طلب گرم منفی و یکی از عوامل مرگ و میر عفونت های بیمارستانی به خصوص در بیماران با سوختگی های شدید می باشد. یکی از مکانیسم های مقاومت دارویی در سودوموناس آئروژینوسا، جهش و یا کاهش بیان ژن oprD می باشد. این مطالعه با هدف بررسی جهش های ژن oprD در جدایه های سودوموناس آئروژینوسا مقاوم به ایمی پنم در استان گیلان انجام شد.مواد و روش ها: در این مطالعه مقطعی، تعداد 45 سویه سودوموناس آئروژینوسا از نمونه های بالینی از بیمارستان ها و آزمایشگاه های شهر رشت و لاهیجان جداسازی گردید. مقاومت و حساسیت سویه ها نسبت به آنتی بیوتیک با روش های کربی باوئر (Kirby Bauer) و حداقل غلظت مهار کنندگی (MIC) تعیین گردید. سپس به منظور ارزیابی جهش در ژن oprD در جدایه های مقاوم به ایمی پنم، از روش واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) و توالی یابی استفاده شد.یافته ها: در این مطالعه در مجموع 44.4 درصد جدایه ها مقاوم به ایمی پنم بودند. بالاترین میزان مقاومت در غلظت 512 میکروگرم در میلی لیتر ایمی پنم مشاهده گردید. همچنین توالی یابی نشان داد که 5 جدایه دارای جهش های اشتباه T103S و K115T در ژن oprD بودند. همچنین جهش های خاموش L92L در 7 نمونه، S100S در 7 نمونه، P116P در 5 نمونه و G151G در 3 نمونه شناسایی شد.نتیجه گیری: از آنجایی که oprD در ورود ایمی پنم به سلول نقش دارد، بنابراین ایجاد جهش در این ژن می تواند دلیل مقاومت جدایه های سودوموناس آئروژینوسا نسبت به ایمی پنم باشد. همچنین ممکن است جهش در oprD باعث تغییر تمایل به ایمی پنم در برخی از جدایه ها شود.

سابقه و هدف: پاکسازی زیستی کارآمدترین روش برای حذف فلزات از خاک های آلوده است. این مطالعه با هدف جداسازی باکتری های مقاوم به فلزات سنگین و تعیین شرایط مناسب برای حذف فلزات انجام شد.مواد و روش ها: در این مطالعه مقطعی، نمونه گیری از خاک های کشاورزی مناطق مختلف شهرستان اسلامشهر صورت گرفت. غربالگری سویه های مقاوم با کشت باکتری ها بر روی محیط کشت محتوی غلظت 1 میلی مولار هر یک از فلزات کادمیوم، روی و مس انجام گرفت. حداقل غلظت ممانعت کننده رشد با روش رقیق سازی در آگار و میزان حذف فلزات با استفاده از دستگاه جذب اتمی بررسی شد. متغیرهای مختلف برای حذف فلز مانند اسیدیته، غلظت اولیه فلز و زمان تماس بررسی گردید. شناسایی سویه ها بر مبنای توالی ژن 16SrRNA انجام گرفت.یافته ها: از مجموع 100 باکتری جدا شده از ناحیه مورد پژوهش، جدایه BRH3 به هر 3 فلز مقاوم بود. حداقل غلظت ممانعت کننده رشد مس، کادمیوم و روی برای جدایه به ترتیب 3، 2 و 3 میلی مولار و میزان حذف فلزات به ترتیب 32.5، 48 و 56.8 درصد بود. بیشینه جذب روی و کادمیوم در اسیدیته 6، زمان تماس 4 ساعت و غلظت اولیه فلز به میزان 150 میلی گرم در لیتر به ترتیب 69 و 59 درصد و برای مس در همان شرایط به جز اسیدیته بهینه 5، به میزان 48 درصد به دست آمد. جدایه به عنوان اسیدووراکس سویه HM_ AH 13 با شماره دسترسی JN676128 در بانک جهانی ژن ثبت گردید.نتیجه گیری: نتایج نشان داد که باکتری های مقاوم به فلزات سنگین در خاک های کشاورزی وجود دارد و سویه جداسازی شده در این مطالعه می تواند کاندید مناسبی برای حذف فلزات سنگین از محیط های آلوده باشد.

سابقه و هدف: آﻧﺰﻳﻢ ال-آﺳﭙﺎراژﻳﻨﺎز به ﻋﻨﻮان ﻳﻜﻲ از ﺑﻬﺘﺮﻳﻦ داروﻫﺎی ﺿﺪﺳﺮﻃﺎن ﺧﻮن ﺷﻨﺎﺧﺘﻪ ﺷده است. ﺑﺎ ﺗﻮﺟﻪﺑﻪ اﻳﻦ ﻛﻪ آﺳﭙﺎراژﻳﻨﺎزﻫﺎی داروﺋﻲ موجود، از ﻣﻨﺎﺑﻊﺑﺎﻛﺘﺮﻳﺎﻳﻲﻣﻲﺑﺎﺷﻨﺪ، ﻫﺪف از اﻳﻦ پژوهش ﻳﺎﻓﺘﻦﺑﺎﻛﺘﺮی ﻫﺎی ﺗﻮﻟﻴﺪﻛﻨﻨﺪه این آنزیم از نمونه های طبیعی می باشد.ﻣﻮاد و روشﻫﺎ: سویه های باکتریایی مولد ال-آسپاراژیناز از انواع مختلفی از نمونه های طبیعی ﺟﺪاﺳﺎزی شدند. جداسازی اوﻟﻴﻪ با استفاده از ﻣﺤﻴﻂﻧﻮﺗﺮﻳﻨﺖ آﮔﺎر و ﺳﭙﺲ محیط آسپارژین دکستروز سالت آﮔﺎر حاوی فنل رد انجام شد. کلنی های دارای هاله صورتی و مولد ال-آسپاراژیناز برای مطالعه فعالیت آنزیمی و نیز شناسایی با روشﻫﺎی ﺑﻴﻮﺷﻴﻤﻴﺎﻳﻲ و مولکولی انتخاب گردیدند. ﻓﻌﺎﻟﻴﺖ آﻧﺰﻳﻤﻲ توسط روش نسلر اندازه گیری شد. به منظور بهینه سازی تولید آنزیم برخی از فاکتورها مانند ﻣﻨﺒﻊﻛﺮﺑﻦ، ﻧﻴﺘﺮوژن و pH مورد بررسی قرار گرفتند.یافته ها: از میان 133 جدایه، یکی از سویه های جدا شده از چربی مرغ دارای فعالیت ال-آسپاراژینازی بالا (8.92 واحد بر میلی گرم) و فاقد فعالیت گلوتامینازی بود. جدایه اﻧﺘﺨﺎب ﺷﺪه به عنوان سراشیا مارسسنس سویه 100 معرفی و با شماره دسترسی KX821734 در بانک ژنی NCBI ثبت گردید. ﺷﺮاﻳﻂﺑﻬﻴﻨﻪ محیط کشت به منظور تولید این آنزیم شامل مالتوز 1.5 درﺻﺪﺑﻪ ﻋﻨﻮان ﻣﻨﺒﻊﻛﺮﺑﻦ، آمونیوم سولفات یک درصد به ﻋﻨﻮان ﻣﻨﺒﻊﻧﻴﺘﺮوژن و 6.8 pH بود. نتیجه گیری: با توجه به کاربرد آنزیم ال-آﺳﭙﺎراژﻳﻨﺎز در زمینه های مختلف دارویی، پس از انجام مطالعات بیشتر بالینی بر روی این آنزیم، جدایه حاصل می تواند یک گزینه مناسب صنعتی برای تولید آنزیم ال-آﺳﭙﺎراژﻳﻨﺎز باشد.

سابقه و هدف: به دلیل استفاده بی رویه از سموم شیمیایی و تاثیرات منفی آنها بر محیط زیست، امروزه روش های دیگری مانند استفاده از باکتری های اپی فیت و اندوفیت برای کنترل عوامل بیماری زا بسیار مورد توجه قرار گرفته است. از آنجایی که گیاه یونجه مهم ترین گیاه علوفه ای در ایران و بسیاری از نقاط جهان می باشد، این مطالعه با هدف ارزیابی میزان بازدارندگی برخی از باکتری های اپی فیت یونجه بر عامل پژمردگی یونجه در شرایط برون تن انجام شد.مواد و روش ها: نمونه های برگ سالم یونجه پیش از گلدهی از مناطق مختلف استان همدان جمع آوری گردیدند. پس از جداسازی باکتری های اپی فیت از مزارع یونجه، تاثیر آنتاگونیستی جدایه ها با اندازه گیری قطر هاله عدم رشد علیه باکتری عامل پژمردگی یونجه بررسی شد. برای پی بردن به الگوی باند های پروتئینی و تنوع سویه ها، استخراج پروتئین از نمونه ها صورت گرفت. به منظور شناسایی جدایه ها از آزمون های بیوشیمیایی و روش PCR استفاده گردید.یافته ها: در مجموع 30 جدایه باکتریایی اپی فیت از اندام های هوایی گیاه یونجه جداسازی گردید. بر اساس آزمون های بیوشیمیایی، فیزیولوژیکی و مورفولوژیکی مشخص گردید که این باکتری ها متعلق به جنس های باسیلوس، سودوموناس و زانتوموناس هستند. بیش ترین درصد بازدارندگی در مقابل پاتوژن مربوط به جدایه شماره 16 و کمترین میزان مربوط به جدایه های 13 و 6 بود. به کمک روش مولکولی و دندروگرام حاصل، جدایه شماره 16 بیش ترین نزدیکی را به سودوموناس مونتی لئی داشت.نتیجه گیری: باکتری های اپی فیت جداسازی شده در این مطالعه قدرت بازدارندگی مناسبی علیه عامل پژمردگی یونجه در شرایط آزمایشگاهی داشتند. این یافته می تواند نوید بخش کنترل زیستی این بیماری باشد. با این وجود مطالعات بیشتر برای اثبات کارایی این جدایه ها با هدف کاربرد آن ها در شرایط مزرعه مورد نیاز می باشد.

سابقه و هدف: بیماری شانکر باکتریایی مرکبات یکی از مهمترین بیماری های مرکبات است که توسط باکتری زانتوموناس سیتری زیر گونه سیتری ایجاد می گردد. این بیماری در بسیاری از مناطق مرکبات خیز ایران مشاهده شده است. با توجه به خسارت زیاد این بیماری، کنترل آن ضروری می باشد. یکی از روش های نوین در کنترل بیماری، استفاده از اسانس هاس گیاهی است. این مطالعه با هدف بررسی تاثیر اسانس گیاهی مرزنجوش بر روی فعالیت عامل بیماری شانکر باکتریایی مرکبات انجام شد.مواد و روش ها: در این مطالعه تجربی عامل بیماری از باغات مرکبات آلوده شهرستان پلدختر جداسازی و توسط آزمون های فنوتیپی، بیوشیمیایی و استفاده از آغازگرهای اختصاصی شناسایی شد. اسانس نمونه با استفاده از دستگاه کلونجر استخراج گردید. اثر ضد باکتریایی اسانس با روش نشت در دیسک مورد ارزیابی قرار گرفت و حداقل غلظت بازدارندگی و کشندگی اسانس تعیین گردید. سپس اثر غلظت های مختلف اسانس مرزنجوش به روش برگ بریده مورد بررسی قرار گرفت. اسانس مرزنجوش پس از آماده سازی، به دستگاه گاز کروماتوگرافی جرمی (GC/MS) تزریق و نوع ترکیبات آن مشخص شد.یافته ها: حداقل غلظت بازدارندگی و کشندگی اسانس به ترتیب 5.3 و 4 میکرولیتر بر میلی لیتر بود. موثرترین غلظت ها برای کاهش بیماری در روش برگ بریده غلظت های 4 و 4.5 میکرولیتر بر میلی لیتر بود، که میزان بیماری را در روش آب-آگار به ترتیب به میزان 62.5 و 53.12 درصد و در روش سینی به ترتیب 62.5 و 53.12 درصد کاهش داد.نتیجه گیری: با توجه به نتایج به دست آمده می توان اسانس مرزنجوش را به عنوان یک ترکیب بالقوه برای کنترل بیماری شانکر مرکبات معرفی نمود.

سابقه و هدف: بیماری های پژمردگی ورتیسلیومی و فوزاریومی دو بیماری مهم در گوجه فرنگی می باشند و تولید گوجه فرنگی را در دنیا محدود می کنند. کاشت ارقام مقاوم گوجه فرنگی بهترین روش برای کنترل این بیماری ها می باشد. نشانگرهای مولکولی که به ژن های مقاومت متصل می شوند برای توسعه برنامه های اصلاحی مفید هستند. این مطالعه با هدف شناسایی ژنوتیپ های مقاوم به پژمردگی ورتیسلیومی با استفاده از نشانگرهای اختصاصی آلل و شناسایی ژنوتیپ های مقاوم به پژمردگی فوزاریومی به وسیله نشانگر CAPS انجام شد.مواد و روش ها: این پژوهش به صورت مقطعی-توصیفی بر روی 35 هیبرید و رقم تجاری گوجه فرنگی تهیه شده از شرکت فلات انجام شد. DNA نمونه ها با روش CTAB استخراج شدند. سپس واکنش زنجیره ای پلی مراز با استفاده از نشانگرهای مولکولی انجام گردید. به منظور شناسایی ژنوتیپ های مقاوم به پژمردگی فوزاریومی، از روش PCR-RFLP با استفاده از آنزیم های برشی RsaI و FokI استفاده شد. درنهایت نتایج با آزمون بیماریزایی تایید شدند.یافته ها: از مجموع 35 ژنوتیپ مورد بررسی، 83 درصد ژنوتیپ ها نسبت به پژمردگی ورتیسیلیومی مقاوم و 17 درصد حساس بودند. از طرفی 46 درصد از ژنوتیپ ها نسبت به پژمردگی فوزاریومی مقاوم و 54 درصد حساس بودند. ژنوتیپ هایی که تولید باند اختصاصی مقاومت به بیماری پژمردگی ورتیسیلیومی کردند، دارای ژن مقاومت Ve-1 بودند. همچنین ژنوتیپ هایی دارای باندهای اختصاصی مقاومت به بیماری پژمردگی فوزاریومی، ژن مقاومت I-2 را داشتند.نتیجه گیری: با کاشت ژنوتیپ های مقاوم یافت شده در این تحقیق در مناطق آلوده می توان این دو بیماری را بدون استفاده از قارچ کش ها کنترل نمود.