رودخانه ها از جمله با ارزش ترین اکوسیستم های آبی هستند که سلامت و بقای آنها سبب حفظ بقای تمام موجودات زنده استفاده کننده از آنها می شود. کیفیت آب رود تجن با تاکید بر کارکردهای محیط زیستی آن در بازه بین سد شهید رجایی و شهر ساری به طول تقریبی 35 کیلومتر با انتخاب پنج ایستگاه نمونه برداری و با هدف تاثیرپذیری اکوسیستم رودخانه از منابع آلاینده حاشیه رودخانه، مورد بررسی و تجزیه و تحلیل قرار گرفت. پس از بازدید از منطقه و جانمایی ایستگاه های نمونه برداری، شرایط کشت و کار و دوره فعالیت های کشاورزی در منطقه به عنوان عامل درجه یک آلاینده رودخانه، نیز بررسی شد. جهت تعیین شرایط اولیه کیفیت آب رود، در اردیبهشت ماه و قبل از شروع کشت و کار نمونه برداری انجام شد و غلظت پارامترهای نیترات، نیتریت، آمونیاک، فسفات، اکسیژن محلول، سختی، قلیاییت،pH و BOD5 با روش های استاندارد اندازه گیری شد. گام زمانی سه هفته ای از خرداد ماه تا مهر ماه برای نمونه برداری انتخاب شد. همچنین برای مقایسه کیفیت آب در فصول مختلف، یک نوبت نمونه برداری نیز در اوایل زمستان انجام شد. نتایج نشان داد که غلظت آلاینده های فسفات و آمونیاک بالاتر از استانداردهای موجود است و مشکلاتی را برای رودخانه و زیست مندان به وجود می آورد. همچنین سختی و قلیایی بودن در میزان بالایی قرار دارد که از این لحاظ برای سلامتی اکوسیستم و آبزیان مفید است.