این مطالعه به منظور بررسی تنوع و تمایز سیاه ماهی در رودخانه تجن ساری که سد شهید رجایی در آن احداث گردیده، طراحی شده است. در مجموع 66 قطعه ماهی که 35 قطعه آن مربوط به ایستگاه بالا دست و 31 قطعه آن مربوط به ایستگاه پایین دست سد شهید رجایی بود، توسط دستگاه الکتروشوکر، صید و پروفیل DNA این ماهی توسط مارکر RAPD ثبت گردید. از بین 10 پرایمر 10 نوکلئوتیدی، تعداد 6 پرایمر با الگوی نواری تکرار پذیر انتخاب شد. در مجموع 89 نوار پلی مورف (نشانگر) به دست آمد که دامنه قطعات تکثیری بین 1000-50 bpمتغیر بود. نتایج مطالعات ژنتیکی توسط مارکر RAPD نشان داد که میانگین فاصله ژنتیکی این دو جمعیت که بر اساس ماتریکس تشابه و ضریب جاکارت محاسبه شد، 0.487 می باشد و از آنجا که مرز تعیین گونه و زیر گونه فاصله ژنتیکی 0.5 می باشد، استنتاج شد که این دو جمعیت تا حد بسیار بالایی از یکدیگر انشقاق یافته اند. نتایج حاصل از آنالیز مولفه های اصلی مختصات(PCOA) نیز توانست این دو جمعیت را از یکدیگر متمایز نماید. رسم دندروگرام UPGMA بر اساس ضریب جاکارت نشان داد که این دو جمعیت از یکدیگر متمایز است. با توجه به نتایج این بررسی بیان می شود که انگشت نگاری RAPD روشی مناسب برای تعیین تمایز ژنتیکی سیاه ماهی می باشد.