تنوع زیستی از مولفه های مهم ارزیابی پایداری سیستم های کشاورزی است. همگام با افزایش یا کاهش تنوع زیستی، فراهمی خدمات اکوسیستمی در کشت بوم ها نیز تغییر می کند. متخصصان کشاورزی عوامل متعددی را بر تغییر سیستم های کشاورزی تاثیرگذار می دانند. در این مطالعه، سیستم های کشاورزی دو منطقه کوهستانی حفاظت شده و کوهپایه ای دشتی در جنوب غرب ایران از چشم انداز تنوع زیستی کشاورزی بررسی شده است. از لحاظ غنای گونه های زراعی، منطقه دشتی کوهپایه ای (میانگین 4.35 گونه در برابر 3.25 در منطقه کوهستانی) و از نظر گونه های باغی، منطقه کوهستانی حفاظت شده (میانگین 2.76 در برابر 0.9 گونه در منطقه دشتی) وضعیت بهتری داشتند. شاخص تنوع گونه ای شانون- وینر برای گونه های زراعی در روستاهای مختلف، 1.25 تا 1.87 بود که با برآوردهای پیشین در سیستم های زراعی ایران هماهنگ است. نتیجه آزمون رگرسیون ساده نشان داد که میانگین غنای گونه ای روستاها در سیستم های باغی با افزایش ارتفاع روستا از سطح دریا به طور معنی داری افزایش یافت، ولی در مورد دیگر سیستم ها روندی مشاهده نشد. به نظر می رسد در منطقه کوهستانی، سرمایه گذاری برای معیشت پایدار روستایی باید بر توسعه بخش باغبانی متمرکز شود. همچنین غنای گونه ای باغ کشت، به طور معنی داری با افزایش فاصله روستاها از مراکز شهری کاهش یافت. نتایج همچنین نشان داد، در مورد سیستم های زراعی و باغی، همبستگی مستقیمی میان غنای گونه ای این سیستم ها و درصد درآمد خانوارها از این بخش ها وجود داشته که استدلالی بر غالبیت نیافتن تک کشتی های بزرگ تجاری در این منطقه است.