مساله ی برهم گذاری هاپلوتایپ عبارت است از یافتن هاپلوتایپ های منشأ تعدادی قطعه که از روش های توالی یابی به دست آمده اند. درحالت دیپلوئید که مربوط به جانداران جفت کروموزومی مانند انسان است، درپی یافتن دو هاپلوتایپ هستیم که هر کدام از خوانش ها از یکی از دو هاپلوتایپ نشأت گرفته باشند. این مساله در حالت دیپلوئید بسیار مورد مطالعه قرار گرفته و به دلیل NP-hard بودن به خاطر وجود خطاهای اجتناب ناپذیر دستگاه های توالی یابی، روش های دقیق حل آن از مرتبه ی نمایی هستند. به همین دلیل روش های سریع تر ولی تقریبی زیادی نیز برای آن ارایه شده اند. درحالت تریپلوئید درپی یافتن سه هاپلوتایپ هستیم به طوری که هر یک از خوانش ها نشأت گرفته از یکی از سه هاپلوتایپ باشند. حالت تریپلوئید بسیار مشکل تر از حالت دیپلوئید بوده و با چالش محاسباتی بیشتری مواجه است. به همین دلیل محققان کمتر به این مساله پرداخته اند. در این مقاله دو مدل برنامه-ریزی خطی دودویی برای این مساله در دو حالت وجود و عدم وجود اطلاعات ژنوتایپ ارایه و کارایی محاسباتی آن ها به کمک نرم افزار AIMMS روی داده های شبیه سازی شده مورد مطالعه قرار می گیرند. مدل های ارایه شده قابلیت تعمیم به پلوئیدی های بالاتر را نیز دارند.