مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
سال:1398 | دوره:11 | شماره:1 |تعداد مقالات:8

هدف: کنکاش مسیرهای پیام دهی در بیماری هایی مثل ورم پستان در گاو شیری که بیشتر تحت تاثیر فرایندهای فراژنتیک هستند، ضروری به نظر می رسد. مواد و روش ها: در این پژوهش 5 مولکول ریزRNA کاندید با شماره دسترسی های bta-mir-223، bta-mir 21-5p، bta-mir-181، bta-mir-146a و bta-mir-16a در منابع شناسایی و استخراج شدند و با استفاده از پایگاه داده Mirtarbase و پایگاه داده Targetscan به ترتیب ژن های هدف تایید شده و پیش بینی شده برای هر یک از ریزRNAهای بالا استخراج شدند. سپس بیان ژن های هدف پیش بینی شده و تایید شده برای هر یک از ریزRNAهای بالا در بافت غدد پستانی در پایگاه NCBI بررسی شدند. علاوه بر این با استفاده از نرم افزار DAVID، مسیرهای پیام رسانی سلولی در KEGG مشخص شدند. نتایج: بر اساس نتایج بدست آمده مشخص شد که ریز bta-mir-146a RNAاز طریق تاثیر بر 7 پروتئین، و ریز RNA bta-mir-223 از طریق تاثیر بر 11 پروتئین و ریز bta-mir 21-5p RNA از طریق تاثیر بر 9 پروتئین در مسیرهای پیام دهی سلولی مختلفی درگیر هستند، و لذا احتمالا در بیماری ورم پستان گاو شیری نقش دارند. همچنین نتایج نشان داد که دو ریز bta-mir-181 RNAو bta-mir-16a در مسیرهای پیام دهی مهمی مثل GnRH signaling pathway، Estrogen signaling pathway، Progesterone-mediated oocyte maturation، Oxytocin Signaling Pathway و MAPK Signaling Pathway نقش مهمی را بازی می کنند. نتیجه گیری: این پژوهش نشان می دهد که ریزRNAهای مورد بررسی می توانند به عنوان نشانگرهای مولکولی، در علت یابی ملکولی بیماری ورم پستان گاو شیری نقش مهمی ایفا کنند.

هدف: تاکنون از روش های مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود درکل ژنوم (چند شکلی-های تک نوکلئوتیدی (SNP)) استفاده شده است که هر کدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در پژوهش حاضر از خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت یا SPC که روشی مبتنی بر داده کاوی است، برای بررسی ساختار جمعیت گاوهای سرابی و نجدی استفاده شد. مواد و روش ها: جمعیت مورد مطالعه 424 رأس گاو شامل 213 رأس گاو نجدی و 211 رأس گاو سرابی بود که باChip 40 K v 2 Illumina Bead برای نشانگرهای تک نوکلئوتیدی تعیین توالی شدند. برای تجزیه ساختار جمعیت از بسته ی نرم افزاری (SPIN) SORTING POINTS INTO NEIGHBORHOOD استفاده شد. بعد از ویرایش داده ها، 27859 نشانگر اتوزومی تجزیه و تحلیل شدند. نتایج: خوشه بندی بر اساس شباهت ها و تفاوت های نوکلئوتیدها، منجر به طبقه بندی دو جمعیت پایه و نه زیر جمعیت شد. نتیجه گیری: در مقایسه با سایر روش های موجود برای لایه بندی جمعیت، در حال حاضر روش SPIN با توجه به عدم نیاز به فرض های پیشین، کارایی مناسبی جهت تجزیه و تحلیل ساختار جوامع دارد.

هدف: هدف از مطالعه حاضر مقایسه تأثیر دو سطح مختلف آویشن شیرازی با آنتی بیوتیک آویلامایسین و پروبیوتیک بر پایه باسیلوس سوبتیلیس بر عملکرد ایمنی هومورال و سلولی و بیان ژن MUC2 در جوجه های گوشتی سویه آرین بود. مواد و روش: این مطالعه در قالب طرح کاملاً تصادفی با 5 گروه آزمایشی مشتمل بر 4 تکرار و هر تکرار شامل 25 قطعه جوجه اجرا شد. گروه های آزمایشی شامل، جیره پایه و جیره پایه حاوی 100 میلی گرم باسیلوس سوبتیلیس، 150 میلی-گرم آویلامایسین، 200 میلی گرم اسانس آویشن و 400 میلی گرم اسانس آویشن شیرازی، به ترتیب بودند. به منظور ارزیابی سیستم ایمنی هومورال و سلولی، عیار پادتن تولید شده علیه گلبول قرمز گوسفند، شمارش تفریقی گلبول های سفید و درصد حجمی گلبول قرمز تعیین شدند. بیان ژن MUC2 بافت روده با استفاده از روش Real Time PCR بررسی شد. نتایج: نتایج نشان داد که پاسخ به گلبول قرمز گوسفندی، ایمنوگلبولینG و ایمنوگلبولینM تحت تأثیر گروه های آزمایشی قرار نگرفت(P>0. 05). تعداد گلبول های سفید و نسبت هتروفیل به لنفوسیت تحت تأثیر گروه های آزمایشی قرار نگرفتند(P>0. 05). بیان ژن MUC2 در گروه جوجه هایی که با جیره پایه حاوی آویشن تغذیه شدند به طور معنی داری در مقایسه با گروه کنترل افزایش یافته بود (P<0. 05). نتیجه گیری: نتایج نشان داد که استفاده از اسانس آویشن شیرازی می تواند اثرات تعدیلی بر سیستم ایمنی داشته باشد. همچنین اسانس آویشن توسط افزایش بیان ژن MUC2 میتواند بر بهبود عملکرد سیستم گوارشی جوجه های گوشتی مؤثر باشد.

هدف: تعیین میزان تنوع ژنتیکی در مواد گیاهی، گام اولیه برای شناسایی، حفظ و نگه داری ذخایر توارثی و همچنین پایه و اساس تحقیقات ژنتیکی و برنامه های اصلاحی است. هدف از این پژوهش بررسی تنوع ژنتیکی و دسته بندی اکوتیپ های زیره سبز جمع آوری شده از استان های خراسان شمالی، رضوی و جنوبی بر اساس نشانگرهای RAPD و ISSR بود. موادوروش ها: در این تحقیق 20 اکوتیپ مختلف زیره سبز به منظور استخراج DNA در دانشکده کشاورزی بیرجند کشت گردید. کمیت و کیفیت DNA استخراج شده با استفاده از دو روش نانودراپ و الکتروفورز ژل آگارز یک درصد مورد بررسی قرار گرفت. برای بررسی تنوع ژنتیکی از نه آغازگر RAPD و 30 آغازگر ISSR استفاده شد. نتایج: نتایج حاصل از تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که بین و درون جمعیت ها تنوع وجود دارد. بر اساس نشانگر RAPD، 10 درصد از تغییرات مربوط به بین جمعیت ها و 90 درصد مربوط به درون جمعیت ها و بر اساس نشانگر ISSR، نه درصد از تغییرات مربوط به بین جمعیت ها و 91 درصد مربوط به درون جمعیت ها بود. درصد چندشکلی بدست آمده از نشانگر RAPD و ISSR به ترتیب 62 و 70 درصد؛ میانگین محتوای چندشکلی 26/0 و 3/0؛ میانگین شاخص اطلاعاتی شانون 37/1 و 9/1 و میانگین شاخص اطلاعاتی نی 1/2 و 76/2 بدست آمد. نتایج حاصل از تجزیه به مختصات اصلی نشان داد که در نشانگر RAPD دو مولفه اول 6/40 درصد و در نشانگر ISSR چهار مولفه اول 6/49 درصد از تغییرات را توجیه کردند. تجزیه خوشه ای بر اساس ماتریس تشابه اکوتیپ های مورد مطالعه را به ترتیب در 6 و 7 خوشه گروه بندی نمود. نتیجه گیری: با توجه به اطلاعات حاصله از جمله، درصد چند شکلی، دامنه زیاد بین ضرایب تشابه (جاکارد) حاصل شده و گروه بندی اکوتیپ ها در خوشه های مجزا، بین اکوتیپ های زیره مورد مطالعه تنوع ژنتیکی وجود دارد. از سوی دیگر بین تنوع ژنتیکی موجود در اکوتیپ های جمع آوری شده و موقعیت جغرافیایی، در بیشتر موارد ارتباط وجود داشت.

هدف: آگروباکتریوم رایزوژنز سبب ایجاد فنوتیپ ریشه موئین در گیاهان می شود. ریشه های موئین قابلیت رشد و ثبات ژنتیکی بالایی داشته و قادر به تولید متابولیت های ثانویه گیاهی هستند. در این تحقیق به منظور بهینه سازی شرایط القا و رشد ریشه های موئین گیاه تربچه، تأثیر عوامل مختلف مورد بررسی قرار گرفته است. مواد و روش ها: اثر نوع ریز نمونه (برگ، ساقه و کوتیلدون)، محیط همکشتی (MS, ½ MS, B5 و ½ B5) و سویه های مختلف باکتری آگروباکتریوم رایزوژنز (A4, ATCC15834 و LBA9402) بر القای ریشه موئین بر مبنای آزمایش فاکتوریل در قالب طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار بررسی شد. درصد تراریختی بر اساس تعداد ریشه های موئین ظاهر شده در تیمارهای مختلف محاسبه و به عنوان شاخص برای تعیین شرایط بهینه القای ریشه های موئین در نظر گرفته شد. تائید ماهیت تراریختی ریشه-های موئین با واکنش PCR و آغازگرهای اختصاصی ژن های rolB وvirD انجام شد. زیست توده تر و خشک و مقدار ترکیبات فنولی و فلاونوئیدی در ریشه های موئین اندازه گیری شد. نتایج: سویه ATCC15834 بیشترین توانایی القای ریشه موئین در گیاه تربچه را داشت. محیط کشت ½ B5 مناسب ترین محیط همکشتی و ریز نمونه کوتیلدون بهترین نمونه گیاهی برای القای ریشه های موئین تربچه بود. میزان رشد ریشه های موئین بر اساس زیست توده تر و خشک با هم تفاوت معنی داری نشان داد و بیشترین مقدار ترکیبات فنولی و فلاونوئیدی در کشت های ریشه موئین به ترتیب 9/2 و 6/3 برابر بیشتر از گیاه طبیعی بود. نتیجه گیری: شرایط بهینه برای القای ریشه موئین در هر گیاه باید تعیین شود و کشت های ریشه موئین گیاه تربچه از توانایی بالایی برای تولید متابولیت های ثانویه گیاهی می باشند.

هدف: هدف از این تحقیق بررسی تنوع ژنتیکی ارقام تجاری سیب در استان خراسان رضوی با استفاده از 40 آغازگر RAPD بود. مواد و روش ها: DNA از برگهای جوان درخت سیب جمع آوری و با استفاده از روش دلاپورتا استخراج شد. به منظور بررسی چندشکلی، واکنش زنجیره ای پلیمراز برای هر آغازگر انجام و شاخص های نشانگری محاسبه شدند. تشابه ژنتیکی و گروه بندی نمونه ها به ترتیب بر اساس ضریب تشابه جاکارد و روش UPGMA و تجزیه PcoA به کمک نرم افزارNTSYS-PC نسخه 2. 2 انجام شد. ساختار ژنتیکی جمعیت سیب مورد مطالعه نیز با استفاده از نرم افزار STRUCTURE نسخه 2. 3 ارزیابی شد. نتایج: بر اساس نتایج بدست آمده، بیشترین باند چندشکل متعلق به آغازگر OPA7 و کمترین باند چندشکل مربوط به آغازگر OPJ13 بود. بیشترین و کمترین میزان PIC به ترتیب در آغازگرهای OPA4 (48/0) و OPM6 (2/0) دیده شد. طبق نتایج تجزیه کلاستر با روش UPGMA، ارقام مورد نظر در 2 گروه اصلی و 5 زیرگروه دسته بندی شدند. بیشترین تشابه بین ارقام گلاب اصفهان-گلمکانی، Margenduft-Low Red Roem Beauty و علیموری خراسان-Dalago و کمترین تشابه بین ارقام گلاب اصفهان-Fuji Rossa و گلاب اصفهان-Low Red Roem Beauty تشخیص داده شد. گروه بندی نمونه های سیب بر اساس تجزیه PcoA و روش UPGMA متفاوت بود. به علاوه، نتایج بدست آمده از آنالیز Bayesian بیانگر عدم اختلاط تبار ارقام سیب مورد مطالعه بود. نتیجه گیری: بر اساس نتایج به دست آمده از این تحقیق، می توان از نشانگر RAPD در شناسایی نواحی چندشکلی، تخمین فاصله ژنتیکی و مدیریت ژنوتیپ و ارقام سیب استفاده کرد.

هدف: در گاو شیری با افزایش تولید شیر بالانس انرژی منفی در طی اولین شیردهی بیشتر می شود و باروری کاهش می-یابد. از آنجاییکه هورمون لپتین در تنظیم حالت تغذیه ای و عملکرد تولیدمثلی دخیل است، این هورمون یک پروتئین جالب توجه در دوره های قبل و بعد از زایش[1]، زمانی که تغییرات زیادی هم در متابولیسم انرژی و فیزیولوژی تولید مثل اتفاق می افتد در گاو شیری می باشد. هدف این پژوهش مطالعه بیان ژن لپتین در بافت چربی گاوهای شیری هلشتاین بود. مواد و روش ها: از بافت چربی زیرپوستی 20 گاو در روز 20 شیردهی، آبستنی دوم و میانگین وزن بدن 80± 680 کیلوگرم نمونه برداری و RNA استخراج شد. RNA استخراج شده در دمای منفی80 درجه سانتیگراد نگهداری شد. کیفیت و کمیت RNA بررسی و سنتز cDNAانجام شد. واکنش Real Time PCR برای ژن لپتین و GAPDH صورت گرفت. محصولات PCR روی ژل آگارز 2 درصد نیز الکتروفورز شد و میزان بیان ژن ها در بافت مذکور، مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: نتایج حاصل از این بررسی نشان داد که این ژن در بافت چربی زیرپوستی بیان می شود. این نتایج می تواند نشان دهنده این امر باشد که لپتین در متابولیسم چربی نقش ویژه ای دارد. نتیجه گیری: در دوره بلافاصله قبل و بعد از زایش گاو ذخایر چربی خود (برای نمونه، بافت چربی) را آزاد می کند و این به این دلیل است که تمام انرژی صرف تولید شیر می شود و دیگر فرآیندها از قبیل تولیدمثل و ایمنی در اولویت پایین تری قرار می-گیرند. چون باروری به اندازه تولید شیر نیز یک صفت اقتصادی مهم است، این صفت هم باید به عنوان بخشی از برنامه اصلاح نژاد گاو شیری مدنظر قرار گیرد. به طور کلی، مطالعات بیشتری باید انجام شود تا نقش لپتین در فیزیولوژی ساخت و متابولیسم چربی و مواد دیگر مشخص شود. این امر کمک خواهد کرد تا مکانیسم هایی برای شناخت اثر فاکتورهای تغذیه ای و چربی های بدن در فرآیندهای مختلف درک شود.

هدف: سطوح بالای بیان ژن های خارجی در سلول های میزبان به ویژه در باکتری ها اغلب منجر به تشکیل اجسام اینکلوژن[1] می شود. وجود اسید آمینه سیستئین در ساختار پروتئین ها به تشکیل این اندامک نیز کمک می کند. پیوند های دی سولفیدی درون و بین مولکول های پروتئین غنی از سیستئین پوششی ویروس برگ باد بزنی مو باعث تشکیل اجسام اینکلوژن پس از بیان در Escherichia coli می شود. از این رو به منظور به دست آوردن پروتئین نو ترکیب با ساختار طبیعی، ضروری است پروتئین های تولید شده در سلول باکتری به شکل محلول در آیند. مواد و روش: در مطالعه حاضر برای تا خوردگی مجدد ساختار پروتئین ها از حلال آمفی پاتیک 2 متیل 2، 4پنتان دیول (MPD) در حضور سدیم دو دسیل سولفات (SDS) استفاده شد. به این منظور ابتدا اجسام اینکلوژن حاوی پروتئین پوششی نا محلول ویروس برگ باد بزنی مو با استفاده از عامل دناتوره کننده سدیم دو دسیل سولفات محلول شد. سپس پروتئین پوششی محلول با استفاده از روش کروماتوگرافی اندازه[2] خالص سازی شد و در نهایت پروتئین های پوششی خالص با استفاده از روش MPD/SDS تا خورده شد ند. نتایج: تصاویر میکروسکوپ الکترونی عبوری تا خوردگی مجدد ذرات شبه ویروسی برگ باد بزنی مو را تایید کرد. نتیجه گیری: به نظر می رسد حلال MPD سبب تعدیل خواص دناتوره کننده سدیم دو دسیل سولفات شده و به این ترتیب روشی ساده، کار آمد و موثر برای تا خوردگی مجدد پروتئین پوششی غنی از سیستئین ویروس برگ باد بزنی مو معرفی شد.