روندیابی سیل در رودخانه هایی که دارای دشت های سیلابی می باشند (کانال های با مقطع مرکب) دارای پیچیدگی زیادی است. در این حالت، استفاده از معادلات سن ونان که اساس کلیه نرم افزارهای روندیابی سیلاب را تشکیل می دهند، توام با خطا است. برای اصلاح این معادلات، روش های ریاضی متعددی پیشنهاد شده است. این روش ها، غالبا پیچیده بوده و زمان اجرای طولانی دارند. در این مقاله راه حل ساده و بهینه ای مبتنی بر روش ماسکینگام برای روندیابی سیل در رودخانه های سیلابی ارائه شده است. برای افزایش سرعت محاسبات، ضرایب این روش به کمک الگوریتم ژنتیک، به صورت بهینه محاسبه شده اند. برای ارزیابی نتایج این روش، از داده های آزمایشگاهی روندیابی سیل در دو کانال مرکب همگن و غیرهمگن استفاده شده است. نتایج نشان می دهد که روش ماسکینگام به خوبی تغییرات دبی جریان را در طول کانال شبیه سازی نموده است. با اجرای مدل ریاضی یک بعدی HEC-RAS4، مشخص شد که نتایج این مدل نسبت به نتایج روش پیشنهادی این تحقیق دارای خطای بیشتری است.