مقدمه: اصلاح نظام های بودجه ریزی کمک شایانی به اقتصاد کشور می کند. هرچند که به نظر می رسد اجرای کامل بودجه ریزی عملیاتی با موانعی از جمله افزایش اختیارات مدیران اجرایی رده های پایین، تغییر رویکرد حسابداری دولتی به حسابداری تعهدی و اصلاح قانون محاسبات عمومی کشور روبه رو است، اما تغییر نظام بودجه ریزی به بودجه ریزی عملیاتی امری ضروری و اجتناب ناپذیر برای اقتصاد کشور به شمار می رود. هدف از پژوهش حاضر، بررسی موانع موجود در فرایند استقرار بودجه عملیاتی بر اساس مدل شه در مناطق آزاد تجاری - صنعتی و ارائه راه کارهایی برای رفع آن ها است.روش پژوهش: جامعه آماری پژوهش، شامل مدیران مالی، مدیران برنامه ریزی و بودجه بندی در مناطق آزاد تجاری – صنعتی و همچنین، دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی ایران است. داده های مورد نیاز برای آزمون فرضیه های پژوهش، از طریق مصاحبه و توزیع پرسش نامه جمع آوری شده است. همچنین، به منظور آزمون نرمال بودن توزیع پاسخ های مربوط به هر عامل از آزمون «کلموگورف – اسمیرنف» و برای آزمون فرضیه های پژوهش از آزمون های آماری «t تک نمونه ای» و «میانه یک متغیری» استفاده شده است.یافته ها: بر اساس نتایج پژوهش حاضر، ناتوانایی در ارزیابی عملکرد، ناتوانایی نیروی انسانی، نداشتن اختیار قانونی و نبود اختیار رویه ای و همچنین نداشتن انگیزه های پذیرش به عنوان موانع استقرار بودجه عملیاتی بر اساس مدل شه شناسایی شدند. با این وجود، عواملی مانند توانایی فنی، اختیار سازمانی، پذیرش سیاسی و پذیرش مدیریتی به عنوان مانع تشخیص داده نشدند.نتیجه گیری: یافته های این پژوهش، نشان دهنده این واقعیت است که در حال حاضر، سازمان مناطق آزاد تجاری - صنعتی توانایی، اختیار و پذیرش لازم برای اجرای بودجه ریزی عملیاتی را ندارد.