مقدمه: هدف از این مطالعه بررسی تاثیر نوع پرایمر در ارزیابی ساختار جمعیت میکروبی در خاک یک اکوسیستم نیمه خشک بوده است. مواد و روشها: ِDNA نمونه, های خاک پس از استخراج و انجام PCR با دو جفت پرایمر مربوط به نواحی V1-V3 و V4-V5 توالی, یابی و داده, ها با نرم افزار QIME آنالیز شدند. نتایج: آنالیزNext Generation Sequencing نشان داد پرایمر V4-V5 توانست 97/9 درصد از باکتری, ها را شناسایی کند در حالیکه 90/4 درصد از باکتری, ها با جفت پرایمر V1-V3 شناسایی شدند. جفت پرایمر V1-V3 توانست درصد بیشتری از Proteobacteria (37/8درصد) را شناسایی کند در صورتی, که جفت پرایمر V4-V5 در شناسایی Actinobacteria (33/6 درصد) بهتر عمل کرده است. بعلاوه جفت پرایمر V4-V5 در سطوح تاکسونومیکی راسته، خانواده و جنس تعداد بیشتری را در نمونه, های خاک مطالعه شده در مقایسه با جفت پرایمر V1-V3 شناسایی کرد. بحث: با وجود عملکرد بهتر پرایمر V4-V5 و با توجه به اینکه برخی از اجزای سطوح مختلف تاکسونومیکی با یکی از جفت پرایمرهای استفاده شده شناسایی شدند به نظر می, رسد به منظور ارزیابی دقیق, تر جمعیت, های میکروبی بهتر است از حداقل دو سری پرایمر استفاده شود.