در این پژوهش، برهمکنش نوکلئوبازهای متیله شده آدنین (m-A)، گوانین (m-G)، سیتوزین (m-C) و تیمین (m-T) با پنج مایع یونی (IL) ([4BF][Bmim]، [4BF][BPy]، [4BF][Ch]، [COO3CH][Bmim] و [COO3CH][Bpy]) با استفاده از نظریه تابعی چگالی (DFT) در سطح نظری X06-2M و مجموعه پایه G(d, p) ++6-311 مورد بررسی قرار گرفت. در این پژوهش، ماهیت و قدرت برهمکنش بین نوکلئوبازهای متیله شده و مایع های یونی با استفاده از چهار روش تجزیه و تحلیل اوربیتال پیوندی طبیعی (NBO)، اتمها در مولکول ها(AIM)، سطح های گرادیان دانسیته کاهش یافته (RDG) و آنالیز تجزیه انرژی (EDA) مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتیجه این پژوهش نشان داد که برهمکنش بین نوکلئوبازهای متیله شده و مایع های یونی دارای ماهیت الکترواستاتیک بوده و عمدتاً از روش پیوندهای هیدروژنی است. همچنین به منظور پی بردن به قدرت برهمکنش مایع های یونی و نوکلئوبازهای متیله شده، مقدار انرژی پیوندی ( ) برای کمپلکس های مایع یونی. . . نوکلئوباز متیله شده مورد ارزیابی قرار گرفت. نتیجه محاسبه هایDFT نشان داد که قدرت برهمکنش نوکلئوبازهای متیله شده با مایع های یونی دارای ترتیب m-G…IL > m-C…IL > A…IL > m-T…IL است.